眼科是本院重点专科，广东省低视力康复技术指导中心深圳分站及卫生部“视觉第一中国行动”培训中心深圳培训基地，包括两个门诊部、一个病区、一个准分子激光治疗中心。现有医务人员33人，其中主任医师2人，硕士生导师1人，副主任医师5人，主治医师4人，住院医师5人，主管护师4人，护师3人，护士8人。现有床位 30张，承担着深圳市眼科临床、科研、教学、急诊急救等任务。
学科带头人司马晶，主任医师，硕士研究生导师。 2001年至2003年在美国南加州大学（University of Southern California）及美国南卡罗莱纳医科大学（Medical University of South Carolina）从事眼科博士后研究工作。现为广东省视光学会视力保健专业委员会副主任委员及屈光手术专业委员会常委、省中西医结合眼科学会常委、深圳市医学会眼科专业委员会副主任委员、《国外医学罕少见疾病分册》杂志编委、美国视觉及眼科研究学会会员，美国白内障与屈光手术学会会员。在国外发表专业论著6篇，国内发表专业论文30余篇。承担科研课题5项，曾获市科技进步一等奖1项、二等奖1项。先后被评为深圳市十佳医务工作者、市优秀共产党、市三八红旗手、市先进工作者、广东省劳动模范、全国巾帼建功模范医师。司马晶主任从事眼科临床及教研工作20多年，专业技术全面，临床经验丰富，在眼科视光学研究及角膜病、眼外伤、白内障、小儿眼科及斜视弱视等疾病的诊疗上有较高的造诣，尤其擅长角膜屈光手术、白内障手术及眼科激光治疗。
眼科拥有一批国际一流的诊疗设备，如 Technolas 217z准分子激光屈光矫正系统，白内障超声乳化仪及前后段玻切机、Orbscan II眼前段综合分析诊断系统、德国罗兰多焦电生理系统、视野检查仪、NIKON眼底荧光血管造影仪、YAG激光治疗仪、倍频532激光治疗仪、TOPCON综合验光仪、非接触眼压计、同视机、多种弱视治疗仪等。
科室在复杂性眼外伤的诊治、白内障手术治疗、角膜屈光手术、角膜移植、难治性青光眼及小儿斜弱视的治疗方面有丰富的临床经验。同时开展眼底荧光造影、激光视网膜治疗、眼前段激光治疗、电生理检查、视野检查、角膜地形图检查、医学验光配镜等多项眼科检查治疗项目。
深圳二院以眼外伤、眼科视光学为重点发展方向，先后开展了LASIK、LASEK治疗屈光不正、LASIK治疗小儿屈光参差性弱视、表面角膜镜片术、有晶体眼的人工晶体植入术等新技术项目，承担了“羊膜角膜接触镜的研究”，“老视眼的手术治疗”，“动静脉鞘膜切开术治疗视网膜分支静脉阻塞”，“眼血管生成刺激因子与抑制因子间的交互调节”，“眼挫伤CRA血流动力学改变对视功能的影响研究”，“穿透性角膜移植术后排斥反应与HLA-Ⅱ类基因的相关性研究”等多项课题，已成为在深圳市及广东省具有一定的影响力的综合性眼科。
