该院儿科已创建近五十年，为本院重点专科，全国中医院校中第一批硕士点。现有技术骨干13人，其中副主任医师以上9人，硕士导师4人，已招收研究生15人。有3名福建省中医儿科学会及中西医结合儿科学会委员,其中1名为儿科专业委员会主任委员，3名为全国儿科专业委员会委员。
儿科中医特色浓厚，中西医结合优势突出。由曾章超主任负责的中西医结合小儿肾病专科，曾2次获得省教委资助课题，近年来取得省厅级以上成果奖6项，省内同行专家鉴定认为，“该治疗方案能提高细胞免疫功能，纠正激素副作用，减少肾病复发率，本研究成果达到国内领先水平”。该成果1994年获省医药卫生科技进步二等奖，1995年获福建省科技进步三等奖；“难治性肾病的临床研究”荣获1997年福建中医学院科技进步一等奖、1998年省医药卫生进步三等奖。该治疗方案突出中医特色，以纯中药清解肾康灵和健脾固肾灵为主治疗效卓著。
