中山二院儿科主要下设小儿呼吸专科、小儿血液科、小儿神经科、新生儿专科、小儿心血管科
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中山二院小儿呼吸科
开展对小儿哮喘疾病，慢性咳嗽及过敏性咳嗽疾病的基础理论及临场防治工作的研究，先后获广东省科委、卫生厅、校级科研基金资助多项，并获得医疗成果奖。尤其用免疫调节剂治疗小儿哮喘慢性、过敏性疾病咳嗽有独特的效果。
中山二院小儿血液科
黄绍良教授为广东省“五个一科教兴医重点工程”学术带头人；李文益教授现任中华医学会儿科分会常委，广东省儿科分会主任委员；方建培教授现任中华医学会儿科分会全国青年委员，广东省儿科学会委员、秘书。小儿血液专科是医院重点扶持专科。本科在探索胚胎干细胞的培养分离方法以及将胚胎干细胞诱导为造血细胞的研究居世界先进行列，造血干细胞（脐血、外周血）移植居国内领先地位。小儿白血病化疗程5年无病生存率达国内先进水平，拥有一支从基础至临床的高素质医、护、研队伍。1998年1月，国内首例脐移植治疗重症β地中海贫血成功，2000年国际首例非亲属脐带血治疗地中海贫血成功；目前已完成移植病55例例，其中脐血移植36例，外周血移植19例，治疗病种包括地中海贫血、淋巴瘤、白血病、再生障碍性贫血、神经母细胞瘤和系统性红斑狼疮等。目前承担厅级以上课题21项。其中《脐血移植》获美国CMB35万美元资助，国家自然科学基金3项，国家863计划1项，国际合作项目2项；主编、参编专著9部；获成果5项。其中“脐血造血干细胞移植的实验和临床研究”获2003年教育部科技进步一等奖。主治：小儿肿瘤、白血病、地中海贫血、再生障碍贫血、特发性血小板减少性紫癜、缺铁性贫血等 临床特色：（1）造血干细胞移植治疗-----地中海贫血、小儿恶性肿瘤、白血病；（2）白血病化疗；（3）再生障性贫血的强化免疫治疗。
中山二院小儿神经科
儿童神经专科主要研究儿童神经、精神、心理的疾病和功能障碍的治疗与康复。神经精神专科门诊开展了以下小儿神经精神心理疾病的诊治：在神经系统疾病及其后遗症，如癫痫、脑性瘫痪、脑炎及周围神经损伤、新生儿缺血缺氧性脑病、外部性脑积水、儿童多动症、抽动症及其他精神、心理、行为障碍，精神发育迟滞、学习困难、肌肉系统疾病等有丰富临床经验，同时开展了多动症、智力、记忆、行为等多项神经心理评估和测验项目。神经专科每周开展三次专科门诊：周三下午，周四上午和周五下午。
中山二院新生儿专科
新生儿专科建立于1985年。在门诊有新生儿专科门诊，病房的新生儿病区，分新生儿室、光疗室及重症监护室，配备有呼吸机、监护仪、抢救台、暖箱、光疗箱等治疗抢救仪器设备，人员具有熟练的诊疗抢救操作技术，对新生儿危重病的抢救成功率高。曾成功抢救一例孕期仅26周，出生体重700克的早产儿，另多例孕期27～30周的早产儿均获成功抢救。
中山二院小儿心血管科
心血管专科开展了心导管检查、心脏电击疗法、安装小儿心脏起搏器等医疗技术，在小儿先天性心脏病、风湿性心脏病、川畸病（皮肤粘膜淋巴结综合症）、类风湿性关节炎、心律失常、心肌炎等方面的治疗、经验丰富。
