药学部是卫生部和广东省抗菌药物监测网成员单位；2006年获我国医院药事管理领域的最高荣誉“中国医院药事管理优秀奖；2003年和2007年分别获得广东省和广州市药品不良反应监测先进单位；2006年成为广东省3家“卫生部临床药师培训试点基地”之一；2007年获得“卫生部临床药师制试点单位” ；2009年获得卫生部抗菌药物临床应用监测“用药评价优秀奖”（全国13所）。
药学部现有药学技术人员65人（含ADR研究室人员），其中教授、主任药师4人，副教授、副主任药师4人，讲师、主管药师28人。担负着全院的药品管理与供应、制剂的生产及临床药学和科研、教学等工作。设有门诊中西药房各2个、住院药房、制剂室、实验室、药库、临床药学室等班组；广东药学院的临床药学教研室和药品不良反应研究室设置在药学部。
作为目前广东省为数不多的规范制剂室，已经成为医院的一个品牌，成为各类医药院校学生（包括香港、日本的学生）实习、见习、参观及教学的基地，从2005年开始，药学部连续举办了“抗菌药物临床合理应用”系列培训班，至今已经举办5期，接受培训学员达1000多人，深受好评。药学部设有灭菌制剂室及普通制剂室，生产的制剂品种有口服液、合剂、酊水剂、膏霜剂、混悬剂、散剂等80多个品种，制剂产品深受欢迎，补充了市场供应的不足，目前有广东省90多家医疗机构获得广东省食品药品监督管理局批准到我院调剂制剂。
科室科研：科室的主要研究方向为药事管理、临床药师工作模式的探索、药品不良反应流行病学及机理方面、药代动力学、生物利用度、生物等效性及药物经济学等方面的研究。先后获得广东省科技进步三等奖1项、广铁集团公司科技进步奖2项、医院新技术二等奖和三等奖各1项；省、部级立项课题各1项、卫生厅和广铁集团公司立项课题9项；广东省医院药学研究基金立项 1项，发表论文140多篇，主编、参编教材、著作7部。
教学、科研情况：近几年来，我们的“新型腹膜透析液工艺及质量研究”课题获得广东省科技进步三等奖、“常用中草药静脉注射剂细菌内毒素检查方法的研究及应用”课题获广铁集团公司科技进步三等奖，还获得集团公司企业管理现代化四等奖及医院新技术三等奖各1项；“抗生素释放细菌内毒素研究”课题获铁道部科研立项，“复方奥硝唑栓剂的研制”等课题获广东省医学科研基金立项，还获得广铁集团公司立项课题5项，发表论文共110多篇。自1997年以来，共带教广东药学院、中国药科大学、第一军医大、广州市卫生学校、广州市白云区卫生学校等学生超过800人。
设施及设备情况：药学楼总建筑面积4190平方米，是一幢集生产、教学、科研、办公为一体的综合药学楼。大楼设有中央空调、内部通信系统、计算机网络、多媒体教学、生产监控系统等现代化设施。制剂生产、研究及质量控制的用房有1900多平方米，净化间总面积1100余平方米，设有灭菌制剂室及普通制剂室，批准的制剂生产品种有呋喃西林溶液等75个品种，生产的制剂品种调剂到省内80多家医疗机构。实验室仪器设备比较齐全，有高效液相色谱仪2台、荧光偏振免疫仪1台、紫外分光光度计2台、自动旋光仪2台、智能溶出仪1台、激光微粒检测仪1台、激光尘埃粒子测定仪、高速低温离心机及超低温冰箱等，基本能满足常规药品检测、体内药物浓度测定、药代动力学及生物利用度等方面的工作开展。
