外科与中国中医科学院一起成立于1955年，是我国最早建立的中医医院的重要科室之一。经过不断发展，外科逐渐成为以中医、西医及中西医结合为特色的科室，综合运用中医、西医、中西医结合等手段，治疗外科各种常见病、多发病及各种疑难杂症。在老一辈医务人员的辛勤努力下，对脉管炎、静脉炎、胆囊炎、胆石症、乳腺及甲状腺等疾病取得了丰富的治疗经验，并曾获的卫生部乙级成果奖、中医研究院科技进步奖。科室专家担任北京中西医结合学会诸专业委员会主任委员等职。随着外科学术的不断进步及业务广泛拓展，目前外科设有多个学术专业组：血管外科组、乳腺与内分泌外科组、疝与腹壁外科组、胃肠外科组及肝胆外科组等。
血管外科利用脉管炎胶囊、静脉炎胶囊等中医中药与西医药及各种手术结合，诊治血栓闭塞性脉管炎、动脉硬化闭塞症、糖尿病足、下肢浅静脉曲张及深静脉瓣膜功能不全、下肢深静脉血栓等，疗效确切。乳腺与内分泌外科利用通络散结丸、瘿瘤消胶囊等中医中药结合西医药及各种手术，规范化诊治乳腺病及乳腺癌、甲状腺瘤、结节性甲状腺肿、甲亢、甲状腺癌等各种良恶性甲状腺疾病。疝与腹壁外科利用中医中药配合先进的人工材料行各种无张力的疝和腹壁缺损的修补，创伤小，恢复快，疗效好。
胃肠外科利用中医中药使各种胃肠手术，如各种肠梗阻手术、胃肠坏死穿孔手术、胃癌根治术、结肠癌根治术及直肠癌根治术等胃肠手术术后肠功能恢复快、肠屏障功能保护好。肝胆外科在利用中医中药的同时，结合现代医学的各种先进诊疗技术，广泛开展胆囊结石、肝内外胆管结石、胆管囊肿、肝囊肿及脓肿、胆囊炎、胆管炎、胰腺炎、胆囊癌、胆管癌、肝癌、胰腺癌等的中医中药、介入及各种根治手术的治疗。此外，外科还开展普胸外科及脑外科常见病的诊治，如肺癌、食道癌及颅脑创伤及各种颅内血肿的诊治等。中医中药诊治疖痈、疮疡、丹毒、臁疮等颇具特色。
我科除开设专家门诊外，尚有“血管病疮疡”、“丹毒”、“乳腺病” 专题门诊。
