神经外科位于病房大楼11楼,是我县最早设立的神经外科专科,也是目前我县最大的重型颅脑外伤及其它脑科急症抢救中心,现有医务人员21名,其中主任医师1名,副主任医师2名,主治医师3名,住院医师3名,护士11名。现开放床位30余张,每年收治病人1200余人,开展各种手术300余台,救治病人数及手术量在全市县级医院神经外科中居于前列,并承担神经外科临床、教学及科研工作。经过10余年的发展,神经外科已成为本院技术领先的重点科室,专科覆盖颅脑外伤、颅内肿瘤、颈椎病、脊髓空洞、脊髓损伤、三叉神经痛、面肌痉挛、脑血管性及功能性疾病等。2003年本科室被济宁市卫生局评为“特色专科”。