神经内科经过二十余年的发展,几代人的努力,积累了丰富的诊断、治疗及危重病人抢救的临床经验，成为该院的重点科室之一。神经内科一贯坚持“以病人为中心，以质量为核心”的服务宗旨，坚持“人无我有，人有我精，发展创新”的科室发展战略，使神经内科得到了长足的发展。现神经内科拥有两个病区，78张床。门诊包括普通专家门诊、专病门诊、心理咨询及普通门诊。有医护人员44人。其中主任医师3人，副主任医师6人，主治医师8人。博士2人，硕士7人。
神经内科现在拥有神经康复中心、神经电生理研究室、脑脊液细胞学研究室、临床流行病研究室、神经心理研究中心。神经康复中心是鲁西南地区规模最大，项目最全、专业性最强的神经康复基地，为济宁医学院康复实习基地，包括运动疗法、作业疗法、语言治疗、物理康复及心理康复等，为神经功能障碍患者恢复提供最佳的治疗。神经电生理室包括脑电图、脑电地形图、经颅多普勒超声、肌电图、各种诱发电位(视觉、听觉、体感、运动)。脑脊液研究室可进行细胞学、抗体检测等。
近几年来，有10人承担了省厅、市级科研课题10余项，均达到了国内领先水平，多次获得省市级科技进步奖。全科医护人员在国家级、省级多种专业刊物上发表论文80余篇，参编著作10余部。
