新华医院中医科创建于1958年，是医院建制最早的科室之一。经过50年的发展，逐渐发展成为由中医内科、中医儿科、中医妇科、中医伤科、针灸科五个部门，集医疗、教学、科研于一体的综合性临床科室。现有主任医师2名，副主任医师7名，主治医师3名，上海市中医高层次临床人才1名、上海市中医希望之星1名。
中医科在医、教、研方面全面发展，取得了令人瞩目的成绩。由资深医师坚持门诊第一线，注重中医特色专科建设，开设了中医肿瘤专科、儿童抽动障碍专科、儿童咳喘专科、冬令膏方调理专科、冬病夏治门诊、中医心脑血管专科、中医消化专科、月经病专科、肾病及男性病专科、骨关节病专科、减脂专科等特色中医专科。同时根据中医药市场需求，不断研发各种“简、便、验、廉”中药制剂和多种中医特色鲜明的疗法，受到广大患者的欢迎。积极推进中西医结合肿瘤病房的建设和发展，2005年被评为上海市示范中医科达标单位。
作为上海交通大学医学院附属新华医院中医教研室，承担交大医学院中医基础理论和中医内、外、妇、儿各科课堂教学任务、临床见习和实习任务;作为上海中医药大学、上海中医药大学国际教育学院实习、见习基地，承担大量的中医带教工作，并接收一定数量的外籍和内地进修医生来进修学习。
中医科先后承担国家自然科学基金、国家中医药管理局、上海市科委、上海市卫生局、申康集团等资助基础与临床研究课题近20项，发明专利4项，科技成果1项，在国家统计源期刊发表论文近100篇，研究成果填补我国多项中医药研究领域空白。
【特色专科】
中医肿瘤专科：由资深专家组成中医肿瘤联合攻关组，针对常见肿瘤术前、术后的中医药治疗进行系统研究，主要针对肠、肺、胃、脑、肝、乳腺等肿瘤的治疗。
儿童抽动障碍专科：综合利用中药、推拿、穴位敷贴等中医药特色疗法，建立中医信息数据库，对抽动患儿进行长期规范的治疗。
儿童咳喘专科：运用内服外治等综合方法治疗儿童哮喘、反复呼吸道感染、肺炎、慢性咳嗽、变应性鼻炎等。
冬令膏方调理门诊：根据中医理论，在每年10月到12月间开展冬令调理，治疗各类慢性病患者和亚健康人群，形成了亚健康调理膏方、慢性病调理膏方、肿瘤恢复期调理膏方、小儿调理膏方、妇科疾病调理膏方、男性病调理膏方、抗衰老美容养颜膏方等系列。
冬病夏治门诊：根据时令节气特点，在每年7月到10月间开展冬病夏治，治疗哮喘和慢支反复呼吸道感染、各类关节疼痛和腰痛等慢性疾病。
中医心脑血管专科：研制多种中药制剂，运用中医、中西医结合方法防治各种心脑血管疾病以及处理心血管病高危因素，如冠心病、高血压病、心力衰竭、心律失常、病毒性心肌炎、心肌病、急性脑中风、血脂异常和糖尿病等。
中医消化专科：由多名专家组成，主要治疗慢性胃炎、溃疡、胃下垂、胃黏膜脱垂、慢性腹泻等胃肠道疾病。
月经病专科：通过中药内服与外敷相结合的方法治疗各类月经病。
中医肾病及男性病专科：肾病、肾结石、前列腺等病。
骨关节病专科：运用多种中医特色疗法综合治疗骨质增生、椎间盘突出(或脱出)、颈椎病、腰椎病、风湿性关节炎及慢性腰腿痛等
减脂专科：针灸结合药物治疗各类肥胖症、脂肪肝和高脂血症等。
中医食疗养生指导门诊：定期开展对各类常见病多发病的中医饮食与养生指导。
【特色疗法】
哮喘敷贴、穴位敷贴、纳米穴位敷贴、熏洗疗法、关节腔水针、局封疗法、关节腔穿刺抽吸、电针、灸疗、拔罐、刺络拔罐、激光穴位照射、穴位注射、红外线治疗、热烘疗法、脑功能保健仪、电脑按摩机
