耳鼻咽喉科创建于上世纪50年代中期，经过几代人的努力，目前已成为一个人才梯队和专业结构合理，医、教、研总体实力处于国内先进水平，在国内享有盛誉的发展中的学科。先后被评为福建省卫生厅首批重点专科之一、福建省科学技术委员会重点扶持的优先发展学科、三级甲等医院的优先发展学科、福建省普通高校优秀课程、福建省精品课程、福建医科大学重点建设专科、国家药品临床实验耳鼻咽喉科基地、福建省新生儿听力筛查中心、福建省耳鼻咽喉头颈外科研究生教育创新基地，并且为福建省医学会耳鼻咽喉科学分会及福建省耳鼻咽喉研究所挂靠单位。1986年成为首批硕士学位授予点。科室技术力量雄厚、人才济济，现有医师19人、其中高级职称14人，博士导师1人、硕士导师7人，博士6人、留学归国人员8人。先后承担省部级科研课题40余项，历年来共发表论文400余篇，其中2人在国际顶级杂志Nature及Science上发表文章。获得各类科技成果奖50余项，其中国家科学技术进步二等奖1项，部省级科技奖16项。
科室配备各种一流的诊疗设备，如进口的声阻抗仪、电测听仪、耳声发射、脑干诱发电位仪、前庭功能检查仪、Stryker鼻耳内窥镜系统、多功能综合治疗台、美敦力动力系统、Pentax电子鼻咽喉镜、Zeiss手术显微镜、Storz硬质支气管镜、嗓音言语矫治仪、CO2超脉冲激光治疗仪、多导睡眠呼吸监测仪等，可开展耳鼻咽喉头颈外科各领域手术，年手术量超过3000台。科室在耳鼻咽喉科临床常见病诊疗疗效显著；除此之外，各亚专业还开展以下特色诊疗：
耳科及耳神经外科：各种中耳手术治疗慢性中耳炎和听力重建；耳聋的诊断和治疗；中外耳畸形的治疗，眩晕的诊断和治疗；人工电子耳蜗植入及听力言语康复，新生儿及婴幼儿的听力筛查及诊断治疗；面神经麻痹及面神经肿瘤的治疗。
鼻科：鼻内窥镜手术治疗鼻窦炎、鼻息肉和鼻腔鼻窦良性肿瘤；鼻眼相关外科及鼻神经外科如：脑脊液鼻漏修补术、视神经减压术、鼻腔泪囊造口术等，面中部揭翻入路的巨大鼻咽血管纤维瘤切除；鼻腔鼻窦恶性肿瘤手术治疗。
咽喉科：各类喉癌手术及发音重建；鼾症的手术治疗；喉部疾病微创及激光手术；声音改进性手术；扁桃体癌手术切除；无喉患者食管发音；咽部及咽旁的肿瘤切除，腮腺肿瘤切除、下咽癌及颈段食管癌切除术，嗓音矫治等。
头颈及颅底外科：前侧颅底肿瘤切除术；颈静脉球体瘤手术及岩尖病变切除；听神经瘤切除术；颈部转移癌手术等。
全科人员本着以病人为中心，树立良好的医德医风，不断提高技术水平，力求为患者提供良好的、优质的医疗服务。
