胃肠外科，现有医护人员26人。其中医师8人，包括主任医师、教授2名，副主任医师2名，主治医师2名。年手术量500余例，并能联合内窥镜、腹腔镜等新技术进行综合治疗。大量开展胃肠道肿瘤及肠梗阻等大型手术，如联合脏器切除、残胃癌的根治术、复杂性肠癌根治术等，提高病人的治愈率。在内镜外科方面，开展胃肠镜、胶囊内镜检查治疗，在省内最早开展经十二指肠镜下肝胆胰疾病的检查及治疗，内镜下胃肠道息肉治疗例数居省内之冠。近年开展了内镜下新技术：内镜下经皮胃、空肠造瘘术，消化道狭窄支架植入术。开展肠外、肠内营养治疗技术，对围手术期及胃肠道功能障碍的病人进行合理的肠内、肠外营养综合治疗。对复杂性胃肠道瘘、炎症性肠病的综合治疗居省内领先。
承担福建医科大学外科学教学任务，每年培养6名硕博研究生，承担多项省内科研课题，并发表国家级、省级论文十余篇。
福建医科医科大学附属第一医院胃肠外科二区是在原肿瘤外科胃肠专业组的基础上成立的，是一个集临床、科研、教学于一体的胃肠道专科，实力雄厚，其技术力量居省内领先水平。拥有主任医师三名，副主任医师一名，高年资主治医师四名，其中享受国务院特殊津贴专家1名，教授一名，副教授三名，硕士研究生导师4名，具有博士学历3名，硕士学历3名。
