1986年经安徽省卫生厅批准，合肥市第三人民医院成立了从事职业病防治的临床科室——职业病科。并于同年５月正式收治法定职业病病人和疑似职业病病人。与此同时，合肥市卫生局授权合肥市第三人民医院职业病科收治职业病人有职业病诊断权。
17年来，合肥三院职业病科共收治了来自合肥及全省各地的职业病病人和疑似职业病病人500多人次，多次成功地抢救患有严重并发症的职业病病人。曾有全国罕见的急性职业性镉中毒病人和慢性铜中毒病人，到过省内外多家大医院都被误诊而延误治疗。在合肥三院职业病科，他们很快得到了及时、正确的诊断和有效的治疗。
17年来，合肥三院职业病科给数以万计的从事有毒有害作业的职工进行了上岗前职业健康体检和定期职业健康体检。及时发现并收治了那些受到职业危害损害了健康的劳动者，或向用人单位及劳动者及时通报存在的职业禁忌症、职业危害，避免了进一步的职业危害的发生。
2002年底，合肥市第三人民医院职业病科又首批一次性顺利通过了由省卫生厅组织的安徽省职业病诊断机构资格认定的考核。三院职业病科除依托综合医院齐全的临床科室、完善的检验检查设备优势，更注重业务人员自身素质的培养和提高，建立了一支拥有高、中、初级人员，结构合理、高素质的专业人才队伍，并建立了职业病科的理化检验室，专项开展对各种金属元素、微量元素及有机、无机元素、化合物的检测工作。特别是2000年派人到北京中国科学院心理研究所进修学习心理咨询和治疗，将现代心理咨询和治疗融于传统的临床治疗之中，收到了良好的社会效益。
