感染性疾病科是从事中医中药、中西医结诊治各种感染性疾病的集临床医疗、教学、科研三位一体的科室，在全国享有显著影响。目前本科室是国家中医药管理局确定的全国重点中医传染病临床基地；是国家中医药管理局重点传染病研究室联合建设单位；是安徽省重点学科中医内科所属三级学科之一；是安徽省中医肝胆病专业委员挂靠单位；是安徽中医学院中医内科学学科、中西医结合学科传染病研究方向硕士学位授权点；是国家中医药管理局“十一五”手足口病临床协作组牵头科室；是国家“十一五”“艾滋病和病毒性肝炎等重大科技专项”承担科室。
科室专业人才梯队：主任医师2人、副主任医师4人、医师3人，医学硕士3人，硕士研究生指导教师2人。学科带头人张国梁主任医师，为国内外著名中医感染病领域专家。
感染性疾病科现有床位数35张，设ICU病房一间，主要设备有直肠透析仪、自体腹水超滤回输仪、肝病理疗仪、心电监护仪、吸痰仪、心电图仪、血糖监测仪、人工肝支持系统等专科设备。
本科室运用中医中药、中西医结合方法诊治各类感染性疾病，包括病毒性肝炎、肝硬化、肝腹水、原发性肝癌、急慢性肝功能衰竭、肝性脑病、消化道大出血、自发性腹膜炎、淤胆性肝炎、脂肪肝、酒精性肝病、自身免疫性肝炎、遗传代谢性肝病、小儿肝病、流脑、乙脑、流行性出血热、SARS、细菌性痢疾、食物中毒、艾滋病、流感、猩红热、麻疹、水痘、风疹、流行性腮腺炎、疟疾、长期发热待查等方面积累了丰富的经验，有较强的诊治水平和解决复杂疑难问题的能力。
感染性疾病科拥有肝组织穿刺活检术、肝癌介入术、干细胞移植术、自体腹水回输术、人工肝支持系统、中医穴位注射术、中药穴位外敷术、穴位电流刺激术、直肠透析术等各类临床技术，为广大患者提供了全面的医疗服务，为解决临床疑难杂症和疗效的提高提供了有力的技术保证。
感染性疾病科在临床医疗工作中扬中医之优，取西医之长，坚持走中医和中西医结合之路。在国内较早提出“益气活血散结法”抗肝纤维化的学说，协定方“软肝饮”经临床与基础研究显示出对临床各类慢性肝病均有显著的抗肝纤维化作用，引起了国内外相关学者的高度关注；经过长期的临床实践，研制出具有疏肝健脾功效的“肝乐冲剂”和清热解毒活血退黄功效的赤茵糖浆两种院内制剂，对临床慢性乙型肝炎、高胆红素血症具有显著疗效，深受广大患者欢迎。
在科研方面，感染性疾病科先后主持或参与国家级科研项目6项、主持国家中医药管理局2009年度传染病重点行业专项1项、科技部支撑计划项目2项、省级科研项目3项、地厅级科研项目6项，累积科研经费达700万元之多；已经出版相关学术专著4部；在省级、国家级期刊杂志上发表学术论文四十余篇；获得安徽省科技进步三等奖一项、安徽省高校科技进步三等奖一项、获得安徽省科技成果3项。
在教学方面，感染性疾病科每年承担临床教学任务100学时左右，带教实习生约100名左右；培养硕士研究生10名。
