衢州市中医院肛肠科，是衢州市中西医结合肛肠病诊疗中心、浙江省中医重点建设专科，衢州市医学重点学科，设有独立的门诊和病房，有主任医师1名、副主任医师3名、专科医师2名，人才梯队合理、临床经验丰富，拥有电子结肠镜、多功能肛肠治疗仪、腹腔镜等先进设备，开展了结肠运输试验、排粪造影、气钡双重造影等特殊检查。
目前肛肠科成功开展的具有优势和特色的项目有：无痛肠镜检查及治疗、直肠前膨经阴 道修补术、保留齿线混合痔外剥内扎术、低位直肠癌保肛术、高频电容场痔疮治疗术、PPH治疗痔疮及直肠黏膜脱垂、腹腔镜下结肠肿瘤治疗、溃疡性结肠炎、肛周脓肿一期治愈术、肛周湿疹的中药外洗、中药外敷治疗炎性外痔水肿、妊娠期及哺乳期混合痔嵌顿等。
肛肠科与省内外多家知名肛肠专科开展协作，由省内外知名专家每月定期坐诊。
