中医外科是湖州市中医院的特色专科，在浙北地区及江苏、安徽等周边地区享有良好的声誉。中医外科的前身由潘春林、杨泳仙两大学术流派组成。解放前，以疮疡外科为主的潘、杨两大家，在湖州及周边地区名气很大，从学门人均有数百人，遍布浙北地区。1957年10月成立湖州市中医院，潘、杨两大学术流派联合，形成了湖州市中医院的外科特色。在各地中医外科相对萎缩时，湖州中医院的中医外科在保持传统特色方面做得较好，具有相当深厚的基础，外用药品种齐全（有120余种外用药，当时在全省仍至全国也是少有的）， 70年代未80年代初整理出版了《潘春林医案》和《杨泳仙医案》，90年代初中医外科有关人员被邀参加卫生部主编的《中医外科病症诊断疗效标准》的编写工作。
湖州中医院外科有着辉煌的历史，但从不因循守旧。引进人才，引进技术，不断充实外科技术力量，使中医外科的综合实力进一步的提高。现该科有市级名中医2人，正高职称3人，副高职称5人，在职研究生2人。现有住院病床40张，年门诊十余万人次。该科在继承中医中药传统的基础上不断创新与发展，尤其对乳腺疾病、前列腺疾病、肝胆及胰腺疾病、水火烫伤、毒蛇咬伤、皮肤病、慢性溃疡及窦道、慢性骨髓炎等疾患有极好的疗效，特别是窦道的治疗具有疗效好、时间短，运用西药在前，中药外敷内服在后的综合治疗方法，疗效奇特，深受欢迎。在充分发挥传统中医中药优势的基础上，还结合现代医学的先进诊疗手段，积极引进新技术、新设备，引进并开展了腹腔镜胆囊切除、电切镜前列腺切除等高科技手术，走中西医结合治疗外科疾病的道路。广泛开展甲状腺、乳腺、胃、肠、肝、胆、胰等普外科手术，肺、食道等胸外科手术，特别是中西医结合治疗前列腺、胆道、乳腺、肛肠疾病有独到之处。
