1982年建科、现在分设附二门诊药房、儿童门急诊药房、急救中心药房、病区药房、制剂室、药检室、西药库、临床药学室、中药房、中药库、静脉药物配置中心、南浦院区药房。负责全院药品保管、供应、质检及药物咨询工作。开展治疗药物监测(TDM)、药物不良反应(ADR)等工作。现有人员107人，高级职称5人，中级职称 25 人。
特色项目:
1、制剂室被确定为我省唯一生产美沙酮口服液基地。
2、建成了按澳大利亚标准设计的静脉药物配置中心。
3、在全省率先应用中药免煎饮片，引进三九中药电子调配中心。
4、在温州率先开展柜台式发药摸式，并成功实施了“预配候取”处方调配工作流程，解决了门诊病人排队取药问题。
5、建立了一整套药事管理的制度、SOP及人员岗位职责的文件，以提升药学服务水准，保证医院药事安全。
