防疫科职责任务是确保全面、及时、准确地收集、统计、分析本区的传染病疫情资料，定期、定点开展系统监测，有效利用监测资料，全面掌握传染病的发生、发展规律和影响因素，为制订防制对策提供科学依据，确保传染病各项控制措施的实施，承担本区各级医疗单位传染病防治的业务培训、技术指导、考核和技术示范。及时有效处理公共卫生突发事件，从而推进全区的传染病预防与控制，不断提高本区传染病防制工作水平。
