1952年儿科医院成立感染科，现有床位60张，长期为医院的重点科室，为国家先后培养30多名研究生。
目前感染科2个病区 主治包括急慢性病毒性肝炎、菌痢及伤寒等肠道传染病、流行性乙型脑炎及流行性脑脊髓膜炎等中枢性感染性疾病，以及流行性腮腺炎、水痘、猩红热、百日咳等呼吸道传染病。我院传染科是上海市疾病控制中心指定的唯一的儿科传染病检测点。
获卫生部科学技术成果奖五次，国家教委科技进步奖一次，上海市重大科技成果奖一次，上海市科技进步奖一次，上海市卫生局科技进步奖一次，光华科技基金奖一人次，明治乳液生命科学奖一人次，校级科技成果奖二次，国家教委高等学校科技工作先进表彰长期从事教育与科技工作且作出较大贡献的老教授“荣誉证书”一人次，中华儿科杂志优秀论文奖四次。
