复旦儿科医院新生儿专业是我院的重点专业、特色专业，在五十年代建立新生儿专业病房，七十年代末建立新生儿研究室，在全国最早举办新生儿学习班（一直持续到现在）。新生儿室是我国最早开展新生儿医学工作的单位，在全国及上海市享有很高的知名度，为开创和发展我国新生儿医学做出了重要贡献。老一辈学科带头人金汉珍教授是我国新生儿医学的主要创始人之一，担任中华儿科学会新生儿学组第一任组长，1987年举办第一次全国新生儿学术会议，主编我国第一本新生儿专业专著《实用新生儿学》。近10年来，我院新生儿专业更是取得长足进步，已初步成为全国及上海市最大的集医疗、科研、人才培训三结合的新生儿医学中心之一，每年都要接待大量国内外参观学习考察人员。2004年与加拿大BC儿童医院通过“加拿大新生儿协作网”共同建立了“国际新生儿-围产医学培训项目”，创立儿科高级医学人才培养的新模式，在全国招收和培养国家顶级新生儿高级专业医师。
复旦儿科医院新生儿室现有固定床位65张 包括新生儿重症监护室（NICU）、早产儿室、足月儿室、新生儿外科、仪器室、随访室等。有医务人员56人 包括教授3名（博导2名） 副教授3名，主治医师1名，住院医师9名，在读研究生12名，护士28名。承担着繁重的医疗、教学、科研工作。1987年、1993年、2004年先后三次评为上海市劳模集体。现在每年收治各类新生儿病例1400多例，抢救病例3000多例，其中使用呼吸机人数100多例。
复旦儿科医院新生儿科在以下领域有丰富及较先进的治疗技术和经验，如：呼吸疾病及呼吸衰竭，使用肺表面活性物质治疗新生儿呼吸窘迫综合征、使用吸入一氧化氮治疗肺动脉高压、对各种危重疾病进行有效的呼吸支持，使呼吸衰竭的病死率明显下降；缺氧缺血性脑病，我院新生儿专家对该病进行多方面的基础和临床研究，在我国率先开展亚低温技术治疗新生儿缺氧缺血性脑病，取得满意疗效，国内领先、国际先进；在早产儿管理技术方面，每年收治的 多例早产儿 多数为出生体重<1500克的极低出生体重儿和<1000克的超低出生体重儿，使早产儿存活率和生存质量获得了明显提高。新生儿外科也是我院重要特色之一，新生儿先天不足畸形较多，病情重，手术难度大，我院每年收治100例各类新生儿外科疾病 手术成功率为国内领先。
