南京医科大学第二附属医院普通外科作为医院的重点科室之一，拥有雄厚的技术力量。科室现有正高职称4人，副高职称5人，博士3人，硕士3人，硕士导师3人，享有国务院特殊津贴2人。经过多年不懈的努力，普外科现已经开展了该科领域几乎所有的大型传统手术，如胃癌根治术、结直肠癌根治术、肝叶切除术、各种胆道手术、甲状腺癌颈清术、胰十二指肠切除术、门脉高压症断流术和分流术、乳腺癌根治术等。在微创外科领域还率先在江苏省内开展多种腹腔镜手术，包括：腹腔镜胆囊切除术（LC术）、胆囊切除加胆总管探查术、腹腔镜阑尾切除术、肠粘连松解术、腹腔镜结直肠癌切除术、腹腔镜下小儿先天性巨结肠根治术、肝囊肿及多囊肝开窗引流术、腹腔镜胃癌根治术、甲状腺瘤切术、腹腔镜下脾切除+贲门周围血管离断术、小儿先天性胆总管囊肿切除术等，其中腹腔镜下脾切除+贲门周围血管离断术治疗肝硬化后门脉高压症合并上消化道大出血、腹腔镜结直肠癌根治术等在省内处于领先水平。
该科血管外科专业在省内拥有良好的知名度，目前可以开展多种血管搭桥术、动脉内支架术、腹主动脉瘤切除人造血管移植术等。
普通外科现已形成良好的学术梯队，有硕博士多名，硕士导师多名，每年承担南京医科大学五年制本科生理论和实习教学任务，同时每年招收硕士生多名，并承担国家级、省厅级科研课题多项。
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