病理科早在1925年即开始了简单的病理检查，于1957年正式建科，系当时国内最早成立的病理科之一。现为南京市医学重点专科，年外检病例量及细胞学诊断病例均达3万余例，是华东地区规模最大的病理科之一。
科室现有医技人员21人，其中主任医师3人，副主任医师2人，主治医师3人，住院医师5人，技术人员8人，其中博士5人，硕士7人。设有病理诊断室、细胞诊断室、病理技术室、免疫组化室、分子病理室、资料室以及电教室等。拥有十人共览显微镜、新柏氏液基细胞薄片制作系统、自动染色机、自动封片机、MICROM HM505E冰冻切片机、Olympus荧光显微镜、Olympus BX-50全自动显微照相系统、MPIAS-1000多媒体彩色病理图文分析系统、Hybrid原位PCR仪、PE DNA 扩增仪、组织芯片仪等仪器设备。开展常规病理、细胞病理、快速病理、免疫病理、分子病理、尸体解剖及病理会诊等工作。
病理科是南京大学医学院和南京医科大学硕士研究生培养单位。近5年来，承担市局级课题9项，作为主要负责单位参与国家和省自然科学基金项目，获得省、市级科技进步奖及新技术引进奖3项，在统计源以上期刊发表论文百余篇，主编及参编专著5部。
