内分泌科创建于1978年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、国家药品和食品监督管理局药品临床试验基地，南京大学医学院、南京医科大学和南京中医药大学内分泌及代谢病学专业硕士学位授予点，也是国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一。
编制床位46张，现有医护人员26人，其中主任医师2人，副主任医师6人，博士3人，硕士8人。科室为国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，近年来，成功举办了第三届全国分子糖尿病会议、首届南京大学国际糖尿病论坛和多期中国糖尿病防治指南的培训。目前有多项国家、省自然基金和市重点项目在研，近3年来获省市科技成果奖11项，在国内核心期刊发表论文48篇，参编专著9部。
