耳鼻咽喉科于1941年正式建立，创始人李枢教授，历届科主任为程华青、员彭年、秦加凤、王文慧、展鸿谋、赵全义、谭崇才、隋军教授，何晓光、阮标副教授。随着整个医院的发展，至今已发展成为拥有病床五十余张，医护人员三十余人的临床科室，现有各级医生16人，其中教授7人，副教授8人，博士1人，硕士7人。配备有各种世界先进仪器及检查方法。七十年代以来，开展了经颅中窝面神经改道移植术。耳显微手术、喉显微手术、全鼻、全耳再造术，垂体肿瘤手术等新兴手术，近年在云南省内率先开展了变态反应研究及临床应用。科室数十项课题获国家、省级科技成果奖。自1979年起招收研究生，为国内最早批准硕士授予权的单位之一，现已培养硕士研究生二十余名，1988年由省卫生厅批准成立“云南省耳鼻咽喉科学研究中心”，下设数个研究室，开展多项科研工作，现正在为我省耳鼻咽喉医学事业做出新的贡献。
