1973年2月病理科由上海铁道医学院病理解剖教研组独立出来，成立了铁路医院病理科。科室先后配合完成了国家、铁道部、上海铁路局多项课题，荣获五项获励。近两年病理科的各项工作有了全面提高，由以常规形态病理诊断为主体，向与免疫组织化学及分子病理学诊断相结合的一个综合性临床病理学科发展。
病理科现有工作人员12名，其中医师7名，技术人员5名。高级职称2名，中级职称4名。硕士研究生导师1名，1人具有博士学位，4人具有硕士学位。科室将通过人才梯队的进一步建设，病理诊断的不断规范化和科研工作的大力开展，必将在疾病的临床诊断中发挥越来越重要的作用。
科室注重不断提高诊断与技术水平，新技术如膜式液基薄层细胞学检测（TCT）的开展，明显提高了宫颈病变的阳性诊断率。人乳头状瘤病毒（HPV）的原位分子杂交检测，为临床针对性治疗提供依据。近年来临床病理诊断数量逐年递增。科内学习环境良好，气氛浓厚，经常开展疑难病例读片会，定期进行业务学习，具有较为齐全的中英文病理专著。同时，病理科还不断加强与临床科室的沟通，以共同提高对疾病的诊断和认知水平。
