肛肠科1989年建科，目前有医生7人（中医专业5人，西医专业2人）、护理11人;其中医生副高职称1人，主治医师5人，住院医师1人；护理副高职称1人，主管护师5人，护师3人，护士5人。目前在读研究生5人次；科主任张金恩副主任医师为玉溪市中青年学科带头人。先后派人员到北京、成都、上海、南京、昆明、贵阳、辽宁、浙江、杭州等全国肛肠培训中心多次进修学习及学术交流，吸收省内外，国内先进技术，从而形成一支技术力量雄厚的专科人材队伍。
科室目前收治的病种达20余种，包括：肛裂、内痔、外痔、血栓性外痔、混合痔、环状混合痔、绞窄性混合痔、直肠息肉、慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、直肠脱垂Ⅰ—Ⅲ度，急慢性肛门湿疮、肛门尖锐湿疣、肛门乳头状瘤、直肠前突Ⅰ—Ⅱ期、便秘、肛门皮下脓肿、肛管后间隙脓肿、坐骨直肠窝脓肿、低位单纯肛瘘、低位（高位）复杂性肛瘘、先天性肛门狭小、肛门外伤。
科室特别在经肛门微创手术；直肠粘膜环切术（简称PPH）治疗混合痔、直肠粘膜内脱，直肠脱垂Ⅰ-Ⅱ；圈套器治疗肠息肉；内痔四步注射法；一次性治疗重度环状混合痔；一次性治愈复杂性高位肛瘘；经肛门直肠黏膜下注射三联法治疗重度直肠脱垂；封闭疗法治疗顽固性肛周搔痒症；痈疮肿毒独特中医治疗，排粪造影技术、直肠B超、直肠前突慢传输试验等多项技术填补我市专科专业技术的空白；运用中西医结合方法，内服、熏洗、外敷、肠道保留治疗慢性结肠炎；对同时伴有严重的心脑血管病、高血压病、糖尿病等多并发症均可治疗，具有愈后功能恢复快、疗效远久、不易复发，并发症少等优点。对直肠癌手术、介入、化疗，先天性直肠阴道漏、肛门外伤的修复等治疗积累了一定经验。
肛肠科的专科制剂达7种，其中内服制剂有痔瘘合剂、益气润肠胶囊；外用制剂有痔爽灵洗剂、五黄消痔软膏、五黄消痔栓、愈肠灵灌肠液、生肌油。
