云南省中医医院针灸科创建于五十年代，是云南省最早的针灸科，经过多年的发展和完善，形成了独特的治疗特色，是云南省的针灸重点专科。现有高级职称9人，博士1人，硕士研究生导师4人，是云南省及外国留学生、针灸临床硕士生等针灸人才培养基地，是云南省集针灸医教研为一体的具有较强技术力量的针灸科室。在疾病治疗上突出针灸特色，应用中西医结合的治疗方法，以准确的诊断及治疗，为患者提供全方位的优质医疗服务。“患者至上，疗效至上”是我们一贯的服务宗旨。
治疗手段：针灸科现有30张病床，在突出针灸特色的同时，广泛应用祖国医学和现代医学先进诊疗技术和治疗手段，广泛开展应用中西医结合的治疗方法，特别是在脑病及神经康复等疾病方面，配备有现代化医疗康复器材，采用中西医结合的最佳方式，为需要康复治疗的患者提供更为全面的疗效更佳的康复治疗。
针灸方面的治疗方法有：传统针刺，艾灸，温针，头针，耳针，舌针，项针、颈针，拔罐，穴位注射，穴位封闭，穴位激光照射，三棱针刺血，中药外敷、熏蒸等。
康复方面的治疗方法有：作业治疗：脑瘫治疗器具、生活功能训练器具等；语言治疗：语言治疗、智力测评及治疗；物理治疗：练走车、牵引床等。
