药剂科始建于1904年，有百余年历史。建院就设有药房。50年代中期增设门诊药房和住院药房。90年代增设药品库房和制剂室。90年代末期开始使用电脑进行药品管理。2002年5月，原西药剂科和中药剂科合并为药剂科。经过几代药学技术人员的努力，药剂科逐步发展为拥有药品库房、住院中药房、住院西药房、门诊中药房、门诊西药房、药品不良反应监测室、临床药学室等部门的综合性专业技术和行政职能科室。
二〇〇二年，在以姚有贵院长为首的新的领导班子的带领下，医院进入了一个快速发展的阶段，药剂科也在快速的发展着：在硬件建设方面，为了更好的服务于雅安人民，医院投入了大量的资金，药剂科先后装修了门诊中药房、门诊西药房、住院中药房、住院西药房，按GSP要求改善了药品库房条件（购置了4台空调、4台冷藏柜，扩大了阴凉库等）；按照药监部门的要求成立了“四川省药品不良反应监测中心雅安分中心”；按照制剂质量管理规范的要求装修改造了制剂室（在2008年“5•12”大地震中受损成为危房，制剂生产被迫停止，现制剂大楼已拆除）；实现了全科电脑信息化管理。
在软件建设方面，逐步建立健全了各项规章制度和岗位责任制。在二〇〇八年创建国家三级甲等医院的推动下，药剂科完善了各项规章制度和法律法规的贯彻落实措施，重新修订了《药剂科制度与职责》，汇编了《药剂科法律法规指导原则汇编》。二〇〇九年又增补了《制度与职责》，进一步推动了药剂科的制度建设，有力地促进了科室的科学化、规范化和标准化管理；在人才培养方面：二〇〇八年药剂科专门举办了“三基三严”培训班，对招聘人员进行了系统的“三基三严”培训，坚持了每月一次的“三基三严”培训和业务学习，取得了较好的效果。选送一名优秀人员到四川省人民医院进修临床药学。二〇〇九年，药剂科继续坚持每月一次的 “三基三严”培训和业务学习。再次选送一名优秀人员进修临床药学。现在，两名进修人员回院后分别在心血管内科和呼吸内科担任临床药师工作。在人才引进方面：二〇〇八年，医院引进了一名药学研究生，改变了药剂科无研究生学历的历史。今年又引进五名本科学历的药学人员。目前，药剂科本科以上学历人员占比从9.09%提高到19.15%，大大提高了药剂科的学历层次，提高了药剂科的人员素质，给药剂科开展各项业务技术工作打下了坚实的基础。
