盱眙县中医院改制后内科由原来的36床张床位扩展为二个病区，二病区设置的科系有：心血管内科、神经内科、消化内科，二病区为苏北地区独有的“空姐式”服务病区，是整体护理的示范病区，是江苏省“巾帼文明岗”，科室拥有15名医生，12名护士，其中主任医师2人，副主任医师3人，主治医师3人，硕士研究生3人，主管护师1人，病区拥有高质量动态心电图、动态血压监测、心电监护仪、除颤仪、奥林巴斯胃镜、肠镜等设备。
内科二病区为医院的重点病区，该病区借助新病房大楼投入使用这一契机，全面快速发展，科室与省人民医院、南京鼓楼医院、淮安市一院、二院等多家大中型医院联姻，定期邀请专家来院查房、讲座、使科室学术地位和社会声誉日益提高。
心内科对高血压、冠心病、心力衰竭、休克、心律失常、心肌病感染性心内膜炎能进行有效的药物治疗，对心脏骤停进行及时有效除颤起搏治疗，科室拟成立高血压门诊，开展高血压病人的普查及饮食、运动、药物等综合治疗。
神经内科能利用我院现有设备螺旋CT、磁共振、多普勒及采用技术手段诊治神经内科各种疾病，能够救治各种中风、脑出血、脑血栓、脑栓塞、腔隙性脑梗死，短暂脑缺血发作，蛛网膜下腔出血、高血压脑病，能够治疗各种原因引起的头痛、头晕、眩晕、失眠、晕厥、诊治各种抽搐及癫痫、诊治各种原因的昏迷、痴呆，尤其能够开展大量脑出血、脑梗塞、心肺脑复苏，高压氧的治疗，对老年帕金森病的治疗等方面积累了丰富的经验并有独到见解。
消化内科现有1副主任医师、1名主治医师，均在上海、南京、扬州等多家医院进修学习，具有丰富的临床经验和严谨的工作作风，对消化内科的常见疾病及疑难病症能够熟练处理，对慢性胃炎、消化性溃疡、炎症性肠病，肝硬化、胰腺炎的治疗尤有独到之处，能开展中西医结合治疗肝硬化、肝癌、溃疡病，能开展镜下取异物，镜下止血等治疗技术，目前正在积极筹备开展镜下息肉电切，食道支架置入等技术，开展了无痛胃镜、肠镜的检查项目。
科室本着以“病人为中心”的理念，执行医院的惠民举措，让病人痛苦而来，满意而去，面对人口老龄化及病人躯体疾病伴随的心理障碍，积极开展心脑血管疾病伴随的心理抑郁，情感障碍的诊断及处理，科室抓住中医院的中医理论优势，中药优势，中西医结合优势，走一条具有中医特色，中西医结合的特色科室之路，未来科室注重于开展中西医结合治疗心脏病，中西医结合促进心脑血管疾病的心理、肢体功能障碍恢复。
科室本着医院管理的“尊重、关注、诚信”的文化理念，倡导温馨、礼仪、细节化服务，塑造服务新形象，着力打造知名医生，知名科室。
