儿童医院病理科目前开展的项目有：
病理检查：包括各种人体组织活检的常规病理活检和术中快速病理检查。手术中快速病理检查可在45钟内协助手术医师确定病变性质，决定手术方案。
免疫组织化学和特殊染色：对疑难病例辅以免疫组化和/或特殊染色，使得病理检查不仅仅依靠单纯的形态学，大大提高确诊率。
各类病原体PCR检查：拥有国内先进的荧光定量PCR检测系统――罗氏全自动荧光定量PCR仪，这是国际上最新研制的一种核酸定量技术，该技术在PCR反应系统中引入荧光标记探针来实现其定量功能，具有高灵敏性、高特异性、和高精确性的特点。目前已被应用于病原体测定、肿瘤基因检测、免疫分析、基因表达、突变和多态性研究等多个领域。
目前本科室采用PCR技术开展各种病原体检查，包括巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、肝炎病毒、结核分枝杆菌、EB病毒和支原体、弓形虫等病原体的定量测定。该方法与传统的检测方法相比具有灵敏度高、取样少、快速简便等优点。
C14无创检测胃幽门螺旋杆菌感染检测：幽门螺旋杆菌列为I 级致癌源。胃MALT淋巴瘤也与幽门螺旋杆菌感染密切相关，根除幽门螺旋杆菌感染后，肿瘤可完全消退。此外，幽门螺旋杆菌还与一些非消化道疾病如冠心病、高血压、血管神经性头痛、小儿发育不良、酒糟鼻、荨麻疹等有一定关系。14C呼气试验便是符合上述要求的检测方法，已是国际上公认的诊断幽门螺旋杆菌“金标准”之一，且具有无创伤、无痛苦的突出优点。
多媒体超高倍显微镜检测：超高倍显微镜充分运用了现代光学、光电学、电子学和医学影像学的最新成果，在保持高分辨率(可达0.24mm)的前提下，把普通光学显微镜的放大倍率提高到2万倍以上，同时增加了相差视野(立体图像)、暗视野(光学染色)等功能和应用软件，不但把以往的平面细胞形态变成立体影像，而且可以动态、静态拍摄录像以留存资料，并且可以不需任何特殊处理就能观察到活体细胞以及体液中的各类细菌、病原体及细小微生物形态，为临床快速检测提供了新的技术保障。
染色体检查：针对先天性遗传性疾病开展染色体检查，可对21三体等遗传性疾病达到确诊的目的。
