西南医院消化科是集医、教、研于一体的临床科室，由刘为纹教授于上世纪50年代创建。1958年组建消化实验室，为国内最早的专科实验室之一。1978年成为首批硕士学位授权点，1986年成为博士学位授权学科。1988年为第三军医大学首批重点学科，1995年为四川省重点学科。1998年获批为博士后流动站。1998年为国家临床药理研究基地，1999年为重庆市首批重点学科，2000年为全军消化病专科中心，2001年为重庆市消化病研究所，2005年成为全军消化病研究所。
拥有2个病区、1个消化内镜中心和1个重庆市重点实验室，展开病床80张，总面积共2500平方米，年门诊量23775人次，年收治病人1851人次。2006年本学科内镜中心成为国家卫生部西南片区唯一的内镜培训基地。实验室设有分子生物学室、细胞培养室、生化室、病理室、免疫组化室、放免室、胃肠动力学室、胃电图室等，开展细胞培养、蛋白质纯化、PCR检测、Southen杂交、Northern杂交、原位杂交、基因转染、DNA测序、放免测定及胃肠功能检测等多项实验技术。
本学科针对胃肠道肿瘤和慢性肝脏疾病，从胃癌及癌前病变的分子遗传机制及消化道肿瘤的针对新靶位治疗研究、慢性肝病并发症的机体适应性的分子机制、胃肠道的黏膜保护机制和内镜下消化道早期肿瘤的诊治为研究方向。“十五”以来，共承担国家自然科学基金20项、省部级(军队)课题5项，科研经费420万元;发表论文457篇，其中SCI收录论文34篇;主编专著10部，获得实用型专利1件。1987年以来共获得省部级二等奖以上科技成果奖20项，其中国家科技进步二等奖1项，省部级(军队)二等奖19项。
本学科地处我国西南地区，为西南地区培养和输送大量消化病学的高层次人才，为提高本地区消化系疾病防治水平，改变西南地区消化系疾病发病率高、医务人员特别是高层次人才匮乏的状况作出了贡献，“十五”期间，共招收博士后2名，博士研究生67名(毕业56名)，硕士研究生92名(毕业74名)。举办了“早期胃癌及癌前病变新进展学习班”、“全国消化内镜学习班”、“全国消化病学院巡回教育培训班”3期，共有来自全国各地的1100余人参加培训;培养了来自全国25个省市自治区的进修生184名(32人来院进修时即具有高级职称)，目前受训人员已有50名成为二甲以上医院内科的学科学术带头人。
作为全军消化病研究所，坚持为军服务的主体思想，旨在提高部队在战争应急、胃肠功能疾病的纺织及科研水平，提高我军战斗力，已成为我军高层次消化系疾病专业人才的培养基地和消化系疾病的防治中心，我科在“十五”已向军队各级医院输送毕业生35人，均已成为各单位的业务骨干。
人才结构：
科室人才梯队合理，形成了以中青年为骨干的优秀科技干部队伍，主系列人员全部具有博士以上学位，十五”期间，新增博士生导师2名、硕士生导师3名;现有工作人员82人，主系列人员51人，留学归国人员6人，博士生导师3人，硕士生导师3人。在编高级职称8人，正高5人，副高3人，平均年龄40.5岁;中级职称7人，平均年龄29岁;初级职称13人，平均年龄24岁。主系列在编人员博士后4人，博士12人，硕士6人，本科生6人。业已形成一支由中青年专家领衔、结构优化、具有较强竞争力的学术梯队。
