厦门市中医院中心实验室是全国中医肝病重点专科；厦门市肝病中心的专科实验室。同时承担厦门市中医院分院检验科的业务功能。设有血液、生化、免疫和分子生物学等实验室。２００３年科室在厦门率先通过了卫生部临床检检中心的实验室验收，成为福建省第二家，厦门市首家一次性通过验收的专业实验室。历年来在卫生部、省临床检验中心开展的室间质评和室内质控活动中，成绩名列前茅，均达到优秀标准。该科室自行开发、安装了医学实验室管理系统，建立了实验室局域网，实现了实验室管理科学化、自动化和网络化。把基因扩增仪等实验仪器和网络连接，使基因扩增检验肝炎病毒核酸等项目，能够将仪器检测病毒的扩增图像打印在检验报告单上，客观、直接地提供给医生和患者。
科室现有美国BECKMAN公司LX20大型生化仪、瑞士ROCHE公司2010电化学发光免疫分析仪和法国STAGO公司STA-compact全自动血凝仪等大型设备，和日本SYSMEX公司KX-21n全自动血球计数仪、芬兰雷勃MK3酶标仪、日本京都4280全自动尿液分析仪等分析仪器有力地保证了日常检验工作的质量和水平。科室还拥有美国ABI公司7000型基因扩增仪、美国BECKMAN公司CEQ8000型基因测序仪等国际领先的大型分子生物学仪器，可从基因水平提供疾病诊疗和生命科学研究指标。目前可以检测甲、乙、丙、丁、戊和庚型等病毒性肝炎病原学指标，其中乙肝血清学指标（乙肝二对半）在厦门地区率先普及了定量检测。应用免疫印迹法检测自身免疫性肝炎诊断指标，是目前厦门地区临床检测各型肝炎血清学指标最齐全的科室。还能够进行干扰素抗体、乙肝拉咪呋啶耐药（YMDD变异）、细菌内毒素等项目检测，为病毒性肝炎的疗效观察提供了客观指标。
科室全体同仁致力于创建一个标准化、现代化科室，服务于临床和科研。科室检测项目优质、快速，结果稳定可靠，检验质量一直得到医生和患者的好评和信任。
目前科室开展的检测项目有:
1、肝功能、血脂、心功能、肾功能等生化检验项目。
2、血细胞分析，凝血四项指标。
3、肝炎病原学检测（定性：酶联免疫吸附法。定量：时间分辨法，电化学发光法，基因扩增法）
乙型肝炎定性
甲戊、丙丁庚型肝炎定性
乙型肝炎定量
乙肝病毒核酸定量
丙肝病毒核酸定量
4、免疫学指标定量检测
肿瘤标志物：AFP（甲胎蛋白） CEA（癌胚抗原） CA125 （糖类抗原125）
CA153（糖类抗原153）CA 199（糖类抗原199）CA 724 （糖类抗原724）
PSA（前列腺抗原）FPSA（游离前列腺抗）NSE（神经角质烯醇化酶）
CYFRA211（肺小细胞癌原211）
激素：DHEA-S（硫酸脱氢表雄甾酮）T（睾酮）LH（黄体生成素）
β-HCG（绒毛膜促性腺激素） E2（雌二醇）PROL（催乳素）
FSH（促卵泡生成素）CORTISOL（皮质醇） PROG（孕酮）
甲状腺功能： T3（三碘甲腺原氨酸） T4（甲状腺素） TSH（促甲状腺素）
FT3（游离三碘甲腺原氨酸）FT4（游离甲状腺素）TG（甲状腺球蛋白）
An-Tpo（甲状腺过氧化物酶）
肝纤维化指标：HA（透明质酸）LN（层粘蛋白）PCⅢ（Ⅲ型前胶原）ⅣC（Ⅳ型胶原）
5、其它项目：
&INF（&干扰素抗体） YMDD变异（乙肝拉咪呋啶耐药） AMA M2（丙酮酸脱氢酶）
LKM-1（细胞色素P450 Ⅱ D6）LC-1（亚氨[代]甲基转移酶-环化脱氢酶）
SLA/LP（可溶性肝抗原/肝胰抗原） ANA（抗核抗体）
