该科是负责组织管理医院临床用药和各项药学技术服务的综合性科室，集教学科研、药品供应、监督管理、合理使用于一身，由药品采购、药品调剂、临床药学等多个部门组成。现有药学专业技术人员60余人，其中主任药师2人，副主任药师6人，主管药师22人，执业药师26人，硕士研究生1人，本科以上学历22人，分别毕业于中国药科大学、沈阳药科大学、北京大学、复旦大学、四川大学等国内重点院校。
调剂部门下辖门诊西药房、急诊药房、住院药房、中药房、金榜分部药房、厦禾分部中药房、厦禾分部西药房等7个药房，并设有儿科、离休干部、麻醉精神药品专窗，承担着全院门、急诊和住院病人的药品调配和供应。
药库主要负责医院所有药品、化学试剂和检验试剂的采购、保管和供应工作，设有专职的计划员、采购员和仓库保管员。目前药库的采购工作已经全部实行网上采购，中标药品采购率98%左右。
临床药学是医院药学的重要组成部分，也是医院药学未来的发展方向，其核心是合理用药，尽可能地保障患者用药的安全、合理、有效、经济。目前，我院临床药学室具备一支经验丰富的临床药师队伍，包括主任药师2名、副主任药师3名、主管药师1名，开展的工作包括药学信息情报的搜集、整理和宣传，门诊用药咨询，血药浓度监测，不良反应监测，药师下临床以及教学、科研等。近年来，临床药学各项工作取得长足的进步，年完成血药浓度监测1200例左右，年上报省药品不良反应监测中心药品不良反应100多例，编辑出版《厦门大学附属中山医院药品处方集》。
近两年来，药学部在国家级、省级刊物发表学术论文30余篇，各项工作取得全面发展。
