该科是目前全省综合性三甲医院同专业开放病床数、医生人数和专家人数最多，硬件设施最好，门诊和病房患者量最大，综合实力最强的科室。科室现有医生20人（在编15人），其中高级职称6人（主任医师3人，副主任医师3人），有教授、硕士研究生导师、享受国务院政府特殊津贴专家、博士和硕士；护士40人。科室设有两个病区，编制和开放床位90张。每天开放呼吸专科门诊2间，呼吸专家门诊1间；另开设 “成人哮喘专家门诊”、“肺部肿瘤门诊”、鼾症门诊和戒烟门诊。年出院病人2000余人次；年门诊量6万余人次。
病区设有10张病床的呼吸重症监护病房（RICU），内设中央监护、层流和重症VIP病房，拥有瑞士产新型（金型）伽利略，美国泰科PB840和德国产德尔格等一批高档有创呼吸机，美国伟康无创呼吸机及美国惠普监护仪；按国际标准建有国内一流的睡眠呼吸监测中心，设有红外线摄像监控对讲系统，配有全球一流，澳大利亚Compumedics无线遥距睡眠监测系统；设有VIP病房8间；病区设有多媒体中控投影示教室。
科室附设800平方米世界一流的现代一体化的呼吸内镜和肺功能综合诊疗部，内设支气管镜术前麻醉准备间，呼吸内镜检查室3间和呼吸内镜洗消中心，拥有日本产支气管镜诊治系统3套；设有肺功能检查室2间（运动心肺检查室1间），肺功能雾化治疗室1间，拥有价值近200万元的全球最先进、最新型、国内独家、高级组合模块式、数字化并可无限升级的全配套（包括体描、运动等）的德国原装进口的耶格（JAEGER）专业肺功能检测系统；设有呼吸内镜和肺功能示教室，内设多媒体投影和辐射呼吸内镜和肺功能各个检查室的红外线摄像监控系统；设有实验室3间,资料室1间及其他附属设施。
科室承担厦门大学医学院全部和福建医科大学部分呼吸诊断和呼吸内科学的临床理论、见习和实习课等教学任务。我科现是“中国呼吸道感染优化治疗协作组”和“全国肺栓塞防治协作组”成员单位。
本科诊治的疾病：急慢性支气管炎、支气管扩张症、各种肺炎、肺脓肿、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压与肺源性心脏病、肺部肿瘤、肺血栓栓塞症、间质性肺疾病与结节病、职业性肺疾病、肺免疫和变态反应性疾病、风湿病肺部表现、成人肺部先天性疾病、胸膜疾病（良恶性胸腔积液、气胸、胸膜肿瘤）、纵隔疾病、睡眠呼吸暂停低通气综合征、急慢性呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征与多器官功能障碍综合征及肺部少见病和疑难病症等疾病。
本科开展的项目：开展肺癌的靶向治疗，睡眠呼吸暂停低通气综合征（鼾症）的诊断和无创通气治疗；肺血栓栓塞症的溶栓和介入治疗；各种支气管镜检查和经内镜介入治疗新技术。经支气管镜局部冲洗和注药治疗支气管扩张合并感染、肺脓肿及阻塞性肺不张等疾病，收到了显著疗效；肺泡灌洗治疗尘肺和肺泡蛋白沉积症等弥漫性肺间质疾病；经支气管镜肺活检及支气管外淋巴结针刺活检，支气管镜引导气管插管，支气管镜替代胸腔镜诊治胸膜疾病，经支气管镜气道支架置入术，气道扩张术，经皮肺活检，胸膜活检术，大大提高了疑难病例的确诊率。开展了胸膜固定术，电脑气胸仪闭式引流术，支气管动脉栓塞治疗大咯血。开展全部肺功能项目检测，包括常规通气、弥散、残气、大小气道阻力、无创伤肺顺应性、激发、连续频率脉冲振荡（IOS）、体积描记、运动心肺、营养代谢及动态呼吸功能监测（呼吸Holter）等等。应用德国产百瑞压缩雾化泵治疗门诊支气管哮喘和急性呼吸道感染的病人。对急、慢性呼吸衰竭病人行支气管镜经鼻引导气管插管进行机械通气治疗，大大提高了危重病人的抢救成功率。
对支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、肺血栓栓塞症和呼吸道感染等疾病，分别按照哮喘防治全球创议（GINA）、慢性阻塞性肺疾病防治全球创议（GOLD）、全国肺血栓栓塞规范化诊疗方案及中国呼吸道感染优化治疗方案等相关指南进行规范化诊治。
