厦门大学附属第一医院儿外科始建于20世纪70年代，由邱文超主任兼管小儿外科病人，但无固定床位；80年代初吕惠涛主任从沈阳的中国医科大学附属医院小儿外科调来我院后，将小儿外科病床发展到10张，并开展了新生儿外科、小儿普外、胸外、泌尿外科以及急腹症的手术；2003年2月28日，儿外科正式独立建科，现拥有病床45张， 其中重症监护室6张。儿外科专业医师11人（主任医师2人，副主任医师3人，博士2人，硕士4人，教授1人，硕士生导师1人）。
儿外科目前开设小儿普 外、腹外、泌尿外、胸外、新生儿等专业，并开展部分矫形外科手术，年龄限制为14周岁以下少年、儿童、婴幼儿及新生儿、早生儿，对新生儿先天性畸形、肿 瘤、感染性疾病及所有急腹症有独到的治疗经验及方法，并涉及胸外科如先天性肺癌，神经外科如脊膜膨出，矫形外科如肌性斜颈、多指（趾），泌尿外科如包茎、 鞘膜积液、隐睾等。已开展的多种手术填补我省、市儿外科空白，为我省三大儿外科基地之一，与上海、北京的儿外科及齐鲁大学医院儿外科有密切联系，常获知名专家的技术指导。儿外科病房条件良好，有关设备齐全：目前全国最高档的螺旋CT、空气灌肠肠套叠复位机、新生儿呼吸机、多功能床边监护仪、电脑输液泵、电脑多功能早产儿培养箱、敞开式新生儿多功能抢救台、立式石英加热器等。微创腹腔镜：腹腔探查、阑尾炎、疝气、隐睾、鞘膜积液、腹腔肿瘤、消化道畸形、巨结肠、肛门闭锁等。
省内开展最早的手术：后矢状入路肛门成形术、吻合巨结肠根治术。接受手术年龄最小：生后1天的无肛患儿，我市接受巨结肠根治术年龄最小为生后三个月婴儿。
具体手术种类如下：
新生儿方面：食道闭锁、十二指肠闭锁及狭窄、幽门肥厚、肠闭锁、肠旋转不良、肛门闭锁、脐膨出、腹裂、皮下坏疽、胆道闭锁等。
小儿普外：急腹症、感染性疾病（淋巴结脓肿、肛周脓肿）、先天性疾病（直肠肛门畸形、巨结肠、胆道扩张症、肠重复畸形、腹股沟疝、脐疝）、门脉高压、消化道出血、创伤等。
小儿肿瘤：血管瘤、畸胎瘤、淋巴管瘤、甲状腺肿瘤、甲状舌管囊肿、肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤等。
小儿胸外：先天性肺囊肿、漏斗胸、膈疝、膈膨升、肋软骨瘤等。
小儿泌尿：鞘膜积液、包茎、隐睾、肾盂积水、脐尿管囊肿、尿道下裂、隐匿性阴茎等。
小儿神经外科：脑积水、脊膜膨出等。
小儿矫形外科：肌性斜颈、并指（趾）、多指（趾）等。
