自治区中医院肛肠科是医院仍至全疆的重点学科，年门诊量4000余次，年手术量超过一千八百余例，现科室加床达到100张、床位使用率超过160%，是全疆影响力最大的、最有中西医结合特色的治疗肛肠病的专科。
科室技术力量雄厚，不仅拥有一批成果卓著、医术高明、经验丰富的知名专家，而且有一批中青年专家迅速成长。医生中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师3人，住院医师4人。其中研究生5名。每年有几十名全疆各地进修人员到本科学习，已批准设立硕士研究生点。
目前科室形成了具有中医特色、中西医结合治疗肛门大肠疾病有特色的科室，特别在一些疑难病上有较大的优势，如大剂量中药保留灌肠治疗非特异性溃疡性结肠炎；中医药治疗习惯性便秘；直肠阴道瘘修补；陈旧性会阴Ⅲ度撕裂修补；直肠癌Miles、Dixon手术；结肠癌切除；高位复杂性肛瘘部分切开挂线术；环形混合痔分段保留齿线切除术；肛门直肠脓肿内口定位根治术；直肠脱垂点状、柱状综合治疗术等。同时本科还开展了术后疼痛干预疗法，基本上能达到肛门部手术术后无痛的效果。医院研制的消炎止痛膏、消痔栓Ⅰ号、柏红痔消外洗颗粒、红升丹、生肌散、金黄膏等药物在治疗痔疮、肛裂、直肠炎、肛窦炎、肛门瘙痒症及术后创面处理上有独特的疗效。
