自治区人民医院小儿外科成立于2004年，设有新生儿外、小儿普外、小儿泌尿外科、小儿胸外科、小儿肿瘤等专业。目前开放床位60张，现有医生12名，其中主任医师1名、副主任医师2名、主治医师6名、住院医师3名；有护理人员15名，其中主管护师3名、护理师2名。
该科在新生儿外科、小儿普外科、小儿微创手术及泌尿系结石内窥镜等领域填补了疆内多项空白。诊疗范围包括各类新生儿消化道畸形，胆道疾病，各类肿瘤，泌尿系疾病，食道闭锁，膈疝、腹壁疝、腹壁发育异常等；小儿消化道疾病，胆道疾病，先天性巨结肠，直肠肛门畸形，各类腹壁疝、腹内疝、腹腔内外各类肿瘤，消化道出血，肝、脾、胰疾病等；小儿先天性食道闭锁，膈疝，食道裂孔疝，肺包虫，食道烧伤狭窄，漏斗胸，泌尿系先天性畸形，泌尿系结石，泌尿系肿瘤等。近年来科室积极开展小儿腔镜微创手术，目前微创治疗腔内疾病达90％以上，使原有的开放手术模式逐渐向腔镜微创手术模式过度，使广大患儿受益。科室与北京、上海等地专家密切合作，通过请进来，走出去的方式，不断提升科室专业技术水平。
该科承担着新疆医科大学、石河子大学医学院本科班教学任务及进修医师、临床护士的实习带教任务。承担并完成国家卫生部科技计划1项，国家卫计委行业专项子课题1项，院内项目2项。发表论文40余篇，获得院级科技成果奖及新技术奖30余项。
