随着经济的发展和医保政策的不断推进，呼吸系统疾病和消化系统疾病病人不断增多，严重地危害广大人民群众身体健康。新建县人民医院内二科是治疗消化疾病，呼吸疾病的专业科室。目前，该科开放床位50张，通常加床10张。配备有纤维胃镜2台、纤维结肠镜2台、洗胃机1台、纤维支气管镜2台、氩气治疗刀1台、输液泵2台，超声雾化器5台，吸痰器2台等多种检查、治疗设备，大大提高率疾病诊断率和治疗护理质量。 2009年，该科室收治病人居全院各临床科室第一，全年收治病人近4000人，占全院的36%，病床使用率平均110%以上。
医护队伍充满活力，专业学科梯队建设合理，拥有副主任医师3名，主治医师4名，住院医师3名，分为呼吸组和消化组。科主任胡绍君，呼吸组组长李秀文，专科医生许惠、李朝平；消化组组长万晓林，专科医生徐红利；主管护师4名，专科护士10名，95%以上为大专学历。各专科组均有专科医生、护士先后到四川省人民医院，华西医科大学进修学习，把专科治疗、护理的新方法、新技术带回来更好地为病人服务。据统计：由于大气污染、吸烟、工业生产以及人口老龄化等原因，呼吸系统疾病发病率和死亡率在内科疾病中均据前四位，在农村，死亡原因更是排名第一。近年来，肺癌、支气管哮喘的发病率明显增加，COPD(慢性阻塞性肺气肿)据高不下，且逐年增加，40岁以上人群发病率超过7%。该专科除常规诊治急、慢性支气管炎，支气管哮喘；肺炎、肺气肿，肺心病、肺脓肿；化脓性胸膜炎，结核性胸膜炎以及自发性气胸，大咯血等呼吸系统常见病外，治疗肺气肿、肺心病或伴肺性脑病、胸腔积液等呼吸系统危重病人治疗、抢救经验也丰富，已治疗次类病人200例以上。
消化系统疾病也是内科疾病中的常见病、多发病之一，慢性病多，难诊断，给病人带来心里和生理上的痛苦。该科配备的电子胃镜，肠镜等先进的检查设备可在直视下检查并明确诊断胃、十二指肠、小肠及直肠等部位存在的急、慢性胃炎、胃溃疡、直肠癌等病变，率先在本地区开展C14呼气试验；并可在镜下进行摘除胃息肉、肠息肉手术，食管支架置入术，和进行幽门螺旋杆菌检查。近期开展的无痛胃镜和无痛肠镜，让病人轻松、无痛地接受检查，减轻了病人心里的恐惧和身体痛苦；通过门诊或该科专业、正规、科学的治疗，急、慢性胃炎、胃溃疡，十二指肠炎、十二指肠球部溃疡，上下消化道出血，酒精性、药物性肝炎、肝硬化，功能性胃炎、胰腺炎等常见病、多发病大多数可治愈。上消化道出血和重症胰腺炎发病急、来势凶猛，治愈率低。近几年，该科应用长抑素治疗上消化道出血和重症胰腺炎病人共计300例以上。另外，肝硬化伴肝昏迷病人是消化系统最严重的疾病之一，近年来也已治愈30例以上。
消化专科对药物中毒，农药中毒，鼠药中毒也有较丰富的临床诊疗经验。像“百草枯农药”这种毒性强、治愈率低（具国内报道仅40—50%）的中毒病人已治愈数十例。内二科本着“以人为本”的原则，坚持医疗质量、服务质量和管理质量三位一体的“大质量”，有效缩短平均住院日，降低患者医疗费用；积极开展优质服务，陪病人检查、送检查标本、取药；强化晨晚间护理（为病人做生活护理、加强同病人的沟通）等服务项目，取得了较好的社会效益。
