西安市中医医院肛肠科创建于1959年，当时在陕西省乃至中国西部都是声誉极佳的科室。经过几代同志的努力，肛肠科由当时的十几张病床发展到今天90张床位，由原来一个病区发展至今天的三个病区。
1996年被西安市卫生局命名为"西安市肛肠重点专科"。科主任贺向东，副主任李五九，护士长毕务英。科室现分为三个病区：一病区负责人李清，二病区负责人李五九、王忠良，三病区负责人翟文炜。全科现有医护人员35名，其中：主任医师1名，副主任医师3名，主治医师4名，住院医师6名，护士长、副护士长各1名，护师8名，护士8名。
目前，科室强化科学管理，走科技创新之路，使科室面貌焕然一新。科室拥有现代化专科设备数台：日产奥林巴斯纤维结肠镜、瑞士产洗肠机、电子微波肛肠治疗仪等，使肛肠疾病的诊疗手段有了很大的提高。科室在传统治疗内痔、外痔、混合痔、陈旧性肛裂、高位复杂性肛瘘、肛门狭窄、直肠脱垂的基础上，积极开展了先天性肛门闭锁伴直肠阴道瘘，多肛门畸形，直、结肠恶性肿瘤根治术，人工肛门再造，结肠吻合手术，非切开肛瘘粘堵微创术治疗肛瘘，陈旧性肛瘘术后缝合术，慢性顽固性便秘经肛门直肠根治术，阴道法治疗肛瘘，以及影、像、声肛瘘定位等使广大肛肠疾病患者得到及时正确的治疗。科室还在原有的传统特色专科用药基础上（如内消丸、拔毒膏、九华膏、玉红膏、生肌散、青黛散），研制开发了新一代专科用药（如痔炎冲洗灵、痔炎灵浓缩液、润通颗粒等），使中医专科优势有了很大的发展。
作为西部地区肛肠科医生的摇篮，四十多年来肛肠科为全国各医疗单位培训出（进修、科班）2000多名肛肠科医生，并于2000年受中华医学会医学继续教育部委托成功举办了三次全国、全省、西安市"肛肠专科疾病防治新技术推广研修班"，受到国家、省级肛肠专业委员会领导及全国同行们的肯定。近年来，获省级科研成果一个（痔消带治疗肛门炎性疾病）；《中药治疗痔疮出血150例》、《注射结扎法治疗Ⅲ期内痔90例》分别获陕西省自然科学优秀论文奖。正在完成省市级科研项目四项。
