同济医院药学部是医院的重要医技科室之一。1955年同济医院由上海迁院至武汉成立了药剂室，经过近50年的发展，已发展成集药物管理供应、药品生产、科研、教学于一体的综合性学科。药学部现有在职职工190人，其中，其中主任药师3人，副主任药师8人。博士生导师2人，硕士生导师7人。
药学部负责全院的临床用药和科研用药的供应和管理，整个调剂室贯彻 “一切以病人为中心”的服务理念，实行站立式、前后台核对发药制度，应用多项便民服务措施，满足患者需求，取得了良好的经济效益与社会效益，其中门诊中药房多次被省、市卫生系统评为文明先进单位和文明示范窗口。门诊西药房被评为武汉市服务行业“十佳”文明示范窗口，为卫生系统唯一的代表单位。
临床药学研究室拥有质谱仪，高效液相色谱检测仪，气相色谱仪、CO2超临界萃取仪和荧光偏振免疫分析仪，为临床患者提供治疗药物血药浓度监测、药物咨询等服务，以及全院不良反应监测工作。
