西安交大附属二院消化内科创建于上世纪60年代，经过50年的艰苦创业，已成为集临床、科研、教学为一体的综合学科，现为卫生部国家临床重点专科、陕西省优势医疗学科、陕西省消化疾病质量控制中心、博士后流动站、博士生授权点、胃肠动力疾病培训中心、陕西省优质护理服务示范科室。中华消化学会胃肠动力学组副组长单位；陕西省肝病分会主委单位；国家临床药理基地。胃肠疾病研究室是陕西省唯一临床重点实验室。
消化科承担国家自然科学基金5项，国家支撑计划子课题1项，卫生部临床重点学科基金4项，教育部骨干教师基金1项，教育部博士点基金1项，陕西省科委科研基金10余项。获卫生部科技进步奖4次，教育部科技进步一等奖1次，陕西省和西安市科技进步奖多次。主编专著7本，参编专著10余本，获国家专利三项；发表论文400余篇，SCI收录20余篇，MEDLINE收录20余篇。多次参加国际和亚太会议，并进行大会发言，获优秀论文奖7篇，三等奖1篇。培养博士、硕士生上百名，毕业学生已遍及全国各地。
消化专科现有医护人员60余人，教授7人，副教授6人，博士导师4人，医生中有博士学位的占到80%以上，且80%以上医生曾在国外留学学习。有国家级学会理事1人, 常委3人, 常务编委3人；省级学会主任委员3人, 副主任委员4人，常委3人,秘书2人，委员4人。享受国务院特殊贡献津贴专家3人。护士60%以上为本科学历，3名护士曾在日本和新加坡进修学习。科室技术力量雄厚、梯队结构合理,已形成了适合医、教、研全面发展的国家临床重点专科和优势学科。与美国、日本、德国等发达国家的多家医院建立了长期合作交流关系。
消化科现设有病床80余张，有消化专家门诊、消化专科门诊、电子胃肠镜室、消化B超室、胃肠动力疾病研究室、消化科基础实验室、消化科电教室等。月门诊量4000人次左右，月住院病人200余人次。
胃肠功能性疾病及酸相关性疾病的诊治在国内处于领先地位，是国内最早开展胃肠动力研究的单位，胃肠动力实验室是陕西省唯一临床重点实验室，具有国内最先进的诊断仪器，获国家专利三项；研制了国内第一台胃肠动力检测仪，还自行开发研制了2种治疗仪器，均已在全国各大医院推广应用。连续4次获得卫生部临床重点学科项目。胃肠动力培训中心承担来自全国各地进修医生的培训工作，每年举办胃肠动力学习班1-2期，举办国家级继续教育项目1次，已培训学员近千人。连续5次在中央电视台做专题学术讲座，许多省内外患者慕名前来就诊，在国内具有较大的影响。
消化内镜中心是西北地区最大的内镜中心之一，佣有各种电子内窥镜数十条，包括国内外最先进的放大内镜、窄光谱成像的NBI内镜、超声内镜、双气囊电子小肠镜、胶囊内镜以及超细胃镜等。是西北地区最早开展双气囊电子小肠镜的科室。可开展各种内镜诊断和内镜下治疗技术如食管曲张静脉套扎，硬化治疗；胃底曲张静脉组织胶注射术；内镜下粘膜染色诊断早期肿瘤及内镜下早癌粘膜切除术；食管、幽门、肠道等消化道的狭窄扩张、支架置入术；平滑肌瘤黏膜切开摘除术；各种胃肠道息肉内镜下治疗术；消化道出血内镜下止血术。胰胆管造影，内镜下胆道取石、胆道支架置入术；经皮肝穿胆道引流及支架置入术；肝癌、胰腺癌、胃肠肿瘤等及胃肠道出血等各种疾病的介入治疗术。在西北地区率先开展了难度较大的内镜下贲门缝合术及TIPS手术。特别是内镜下食管曲张静脉套扎术和食管支架置放术在西北地区处于领先地位。连续13年举办消化内镜学习班（国家级继续教育项目），对消化内镜的推广普及发挥了重要作用。
慢性肝病领域的临床和研究在国内和省内都有一定影响，特别是对脂肪肝、肝硬化、肝血管瘤、食道静脉曲张套扎和肝癌、肝硬化脾功能亢进脾动脉栓塞术等治疗独树一帜。该科开展介入治疗工作多年，可开展消化系统肿瘤、门静脉高压、胆道疾病、胃肠道出血等多项介入治疗，在消化介入治疗方面积累了丰富的经验。在国家核心期刊发表论文70余篇，被SCI收录5篇，被Medline收录10余篇，论文被引用近200次，单篇被引用达50余次；2篇论文不仅被作为中华医学会肝病分会脂肪肝学组2010年《酒精性肝病诊治指南》 的重要参考资料之一，也是美国AASLD，ACG制定有关《酒精性肝病》临床指南参考资料之一。
