消化内科于1983年建科，是温州医学院附属二院重点科室，下设有消化科病区、消化内镜中心、胃肠动力室及消化实验室。病区现有床位50张，年住院约1400人次，年门诊约80000人次。本科共有医护人员40余人，消化专科医师17位，其中主任医师2位，副主任医师8位，主治医师5位，住院医师2位，博士生2位，硕士生11位，硕士生导师1位。
消化内科不仅能诊治消化系统的常见病和多发病，还特别擅长于疑难少见疾病的诊治，在消化系危重疾病的救治方面有较高的成功率。科室主任郑君杰医师现任温州医学院附属第二医院内科副主任兼消化科主任，中华医学会浙江省消化分会委员，中国医师协会浙江省消化分会委员，中华医学会温州市消化分会副主任委员,《温州医学院学报》编委。尤其擅长一些疑难的少见杂症的诊治，一些在国内外著名大医院长期误诊的病人，经其确诊，并获得满意的治疗，并在在消化系危重疾病的救治方面有丰富经验，常使一些濒危病人脱离危险。学科带头人薛战雄、消化内镜中心主任薛战雄医师曾赴日本留学专修消化内镜技术，擅长各种疑难疾病的消化内镜诊治，其内镜的诊治技术在浙江省有较大的影响力，尤其擅长早期胃癌的诊治、消化腔道内支架放置、食管胃底曲张静脉的套扎、注射治疗、胆道系统疾病的十二指肠镜下治疗（ERCP）、EMR、ESD等。现任浙江省内科学会委员；浙江省消化内镜学会委员；浙江省ERCP学组副组长；温州市消化分会常务委员；温州市消化内镜学组组长。
消化内镜是科的特色项目。科内镜中心是卫生部和中华医学会消化内镜分会核准的首批消化内镜培训基地之一，薛战雄主任出任温州医学会消化内镜学组首任组长，科有四位医师是学组成员成员。科消化内镜中心是温州各大医院开展内镜下诊疗项目最齐全的中心，消化内镜的诊治水平省内领先，已逐渐成为浙南地区的消化内镜交流中心。消化内镜诊治例数及技术水平在全市领先，年ERCP例数全省第四、全市第一，年胶囊内镜检查例数全市第一，年内镜下治疗例数全市第一。放大染色内镜、内镜窄谱光技术、结肠镜单人操作术，内镜下粘膜剥脱术，内镜下粘膜切开剥离术，内镜下各种胆道疾病治疗术，内镜下食管胃底静脉曲张治疗术、胃造瘘术、超声内镜下穿刺活检及治疗胰腺囊肿等各种国际国内先进的内镜下诊疗项目在科基本能常规开展。浙南地区各大医院的内镜疑难病例会诊经常联系科或转科。曾多次举办消化内镜相关学术会议，如省级及国家级消化内镜的继续教育学习班，2010年举办了“温州市第二届ERCP”，今年3月召开了“温州市第一届消化内镜研讨会”。
胃肠动力是学科的另一特色，是温州地区第一家设有专门胃肠动力室的医院，可以进行胃电图、胃肠通过时间、24h胃酸测定、食管直肠胆道测压、胃电起搏及生物反馈治疗等多项检查及治疗。是省能开展系统而全面的胃肠动力学检查的少数单位之一，对胃肠动力性疾病的诊断和治疗均处于领先水平，年检查和治疗例数全市第一。并聘请原北京协和医院消化内科主任全国消化动力组组长柯美云教授为学科客座教授，为学科技术水平提高和扩大影响作出了较大的贡献。
近年来以蒋益博士为首的团队在对炎症性肠病的研究方面取得显著成绩，是科的又一个领先点。近三年关于炎症性肠病的研究发表SCI文章2篇、中华系列5篇，处于全国领先水平。
另外，科室是市第一批国家级临床药物基地，已进行多项药物临床实验，对我国的临床药物开发和研究有一定的贡献。
