消化内科是北京医院具有很强实力的治疗消化系统疾病的临床科室。承担着高干医疗保健、普通医疗、老年医学研究、北京大学医学部教学等任务。开展了现代化治疗疾病的新技术，新方法，并与国际医学界有广泛的交流。
消化内科现有在职医师16人，其知名专家2人，主任医师3名，副主任医师5人，博士4人，硕士6人，并有2名已退休回聘知名专家参加病房疑难病例查访。
每天均有消化专家门诊，病房有重症监护和抢救设备，严格执行三级查房制度，及时解决病人问题，全体医护人员具有良好的医德医风。
消化内科下属有病房、门诊、消化内镜中心、消化实验室、胃肠动力室等，全面处理食道、胃、小肠、大肠、肝脏、胆囊、胰腺等腹部脏器的相关疾病，年门诊量近5万人次，患者满意度很高。
消化内镜中心：具有先进的电子胃镜，电子结肠镜，电子十二指肠镜，超声内镜，放大内镜及各种与之配套的内镜治疗设备。占地500余平方米，有多个操作间，可同时开展8台操作，目前每日4个操作台同时开展内镜的诊治，每年完成内镜13000余例。2003开始配备了内镜学最新高科技设备胶囊内镜并应用于临床，开拓了内镜学领域并极大改善了病人内镜检查的舒适性;2003年开始开展无痛内镜检查治疗，目前已积累丰富的经验，为广大患者消除了对内镜检查的痛苦及恐惧;2004年始开展经皮胃镜引导下胃造瘘术，目前已完成近200例，效果良好。消化内镜室除承担常规的胃、肠、胆道检查外，主要开展以下治疗项目：
1.非静脉曲张胃肠道出血：经内镜喷药、注射、单极电凝、热探头、金属夹止血治疗。
2. 肝硬化食道胃底静脉曲张破裂出血：采用硬化剂注射、多环套圈结扎、组织胶注射治疗。
3.胃内异物或胃石：碎石、钳抓、网蓝等方法取出
4.贲门失迟缓症：用气囊扩张治疗、肉毒碱注射
5. 食道良性及恶性梗阻：内镜下扩张及支架置入术
6.胃、肠道息肉及早期胃肠癌：应用电套圈、电凝、氩气、内镜下粘膜切除(EMR)、内镜下粘膜下层剥离术(ESD)等治疗。
7.肝外胆总管梗阻、胆总管结石：行十二指肠乳头切开、碎石、取石、放置胆管支架、鼻胆引流等。
8.经皮胃镜引导下胃造瘘、空肠造瘘。
消化实验室：配备有酶标仪、扩增仪等。开展了13C呼气试验检测幽门螺杆菌及粪便幽门螺杆菌多肽快速检测，13C呼气试验检测肝储备功能，胃蛋白酶原早期胃癌的筛查检测，癌性标记物CA242测定等。
胃肠动力室：食道24小时酸碱测定，食道压力测定等胃食管反流病(GERD)的相关检测;便秘相关检查：肛门、直肠动力学测定，结肠通过时间测定等。
