华中科技大学协和医院药学部是国家临床药学重点专科。经过几代人的努力，药学部已成为组织结构完善、人才梯队健全、技术力量雄厚、集医疗、教学、科研为一体的以临床药学为主导的医院药学学科，是卫生部抗菌药物临床应用监测网成员单位、卫生部临床药师培训基地、国家新药Ⅰ期临床研究基地、国家权威期刊《中国医院药学杂志》主编单位。2011年被中国医院协会评为“第二届全国医院药事管理先进单位”、“医院科技创新二等奖”。2012年被中国药学会评为“第四届中国医院药学奖---优秀团队奖”。
药学部拥有GSP规范管理的医院药品调配系统、达到GMP认证要求的药物制剂部门、达到GCP要求的国家药物临床试验机构及药物I期临床研究室，并通过国家ISO17025认证。药学部现有药学专业技术人员148人，其中高级职称15人，中级职称41人，本科以上学历占全科专业技术人员的80％以上。科室承担了年均300余万人次门、急诊量的门诊处方，及年均11万余住院患者的药品供应调剂及制备；拥有3000 m2以上的独体药学楼，各种科研设备价值超过2000余万元。
药学部负责医院药事管理与药物治疗学委员会的日常工作，认真贯彻执行《药品管理法》，按照《药品管理法》等有关法律、法规制定该院有关药事管理工作的规章制度；确定该院用药目录和处方手册；审核该机构拟购入药品或配制新制剂及新药上市后临床观察的申请；制定该院新药引进规则；定期分析该院药物使用情况，组织评价该院所用药物的临床疗效与安全性，提出淘汰药品品种意见；组织检查毒、麻、精神及放射性等药品的使用和管理情况，发现问题及时纠正；组织药学教育、培训和监督、指导该院临床各科室合理用药。
药品供应部门设有七个设施完善、布局合理的中西药房，配有规范的药品招标采购系统，设施优良的药品在库养护系统。所有窗口工作人员均接受过正规的专业教育和规范系统的职业培训，坚持为患者及医护人员提供高质高效的药学服务。
药学部积极开展以“患者为中心”的临床药学服务，积极组织并成功搭建6大临床药学服务平台：①精细化、专科化临床药学服务平台；②治疗药物监测平台；③药物基因组学平台；④安全合理用药监控平台；⑤药品信息化管理平台；⑥新药Ⅰ期临床研究平台。
临床药学室为药物治疗的安全、有效、合理、经济提供全程服务，专科临床药师进行药学查房，对住院患者提供药学服务，对药物治疗提出意见供医生参考。2006年成为首批50家“卫生部临床药师培训试点基地”之一，设有心血管、肾内和呼吸三个临床药师培训专业，每年招收8名临床药师学员，每年12月份接受次年报名，4月份开始培训。
血药浓度监测室配有德国西门子德灵Syva药物浓度分析系统，可对环孢霉素A、甲氨蝶呤、他克莫司（FK506）、霉酚酸、地高辛等治疗窗较窄的药物进行血药浓度监测，为患者提供个体化用药方案，最大限度地发挥药物的治疗效果，同时将可能发生的副作用降至最低。
个体化用药基因检测中心可以开展肿瘤药物、心血管药物、糖尿病药物、器官移植药物等个体化治疗基因检测，通过合理用药相关基因检测，确定每个患者个体的药物反应基因型，帮助医生和患者根据个体的药物反应特征，选择适合的药物和适合的用药剂量，达到满意的药物治疗效果、减少药物不良反应的发生。
不良反应监测室主要任务是收集和整理临床使用药物所产生的不良反应，上报国家药品不良反应监测中心，同时对收集到的不良反应进行汇集、整理和分析，以利于临床合理用药。多次被评为卫计委、湖北省及武汉市药品不良反应监测工作先进单位。
药学信息室及时提供最新的药物及ADR等信息，专职药师负责平台的信息维护和审方工作，实现信息化的临床用药干预功能。通过信息化技术及时获取各类临床用药管理治疗信息和统计分析结果，为医护人员选择疗效最佳的药品、用药方案以及行政主管部门制定政策法规和行政干预提供数据支持。
制剂室与临床科室联合研制生产具有该院特色的疗效独特的院内制剂，按照国家有关法规经有关管理机构批准后组织生产。制剂室严格按GPP标准兴建，设有十万级生产区和一万级洁净生产区，拥有喷雾制粒等一批先进制药设施。目前普通制剂有九十多个品种，主要包括片剂、胶囊剂、合剂及皮肤、耳鼻喉科制剂。
药学部开展新药研发、现代药剂学与药学基础、临床药学及药物Ⅰ期临床等多个方向的科学研究。现有LC-MS/MS、HPLC等一系列仪器设备，可以开展体内外药物及内源性物质分析、药物动力学、新药研发等方面的科研工作。先后承担国家自然科学基金项目6项、国家高新技术“863”计划项目1项、国家中医药管理局留学回国人员择优资助项目1项，湖北省科委资助课题11项，武汉市科委资助课题6项，横向课题20余项，新药Ⅰ期临床试验50多项。该院开发研制的院内制剂中有5个品种被《中国药典》收载，转让品种5项，科研成果先后获湖北省科技进步二等奖2项、三等奖1项，武汉市科技进步奖三等奖1项。已发表SCI收录论文50多篇，国家级权威期刊文章数百篇。
药学部是国家博士、硕士学位授权点，现有博士生导师2名，硕士生导师6名。指导博士、硕士研究生进行药剂学、药物动力学、药理学等研究。作为药学人员实践的主要教学医院，药学部常年承担华中科技大学同济医学院、武汉大学医学院、咸宁医学院、湖北中医学院、江汉大学、宜昌三峡大学等单位药学专业大学生的实习与教学任务；常年接收省内外医院进修人员。
协和医院药学部为国家权威期刊《中国医院药学杂志》主编单位，科室主要负责人先后担任中国药学会医院药学专业委员会副主任委员、中华中医药学会药房管理专业学会副主任委员、中华医学会临床药学分会常委、中国药理学会药物基因组学专业委员会常委、湖北省药学会副理事长、湖北省药学会副秘书长、武汉药学会理事长、湖北省医院药学专业委员会主任委员、湖北省药剂专业委员会副主委、湖北省药事管理专业委员会副主委等职务，为我国及该地医院药学的发展做出了杰出的贡献。
