病理科是以各种疾病的病理诊断为中心任务的一门学科。病理诊断直接与疾病治疗方法和患者预后相关。目前科室承担着医院手术标本及本区其他医院部分标本的病理诊断工作。病理科现有工作人员5人，其中高级职称一人，中级职称一人，初级职称3人。拥有先进的Leica自动脱水机、Leica包埋机、Leica漂烤机、Leica切片机、北航图像分析系统、Olympus BX51显微镜、超薄液基细胞学制片仪、快速超声处理仪等先进仪器设备。
组织学病理诊断自标本接受到发放报告需3天~5天，特殊情况如骨组织或需要进一步检查需适当延长出报告时间。
手术中快速石蜡病理诊断为患者减轻了经济负担，避免了二次手术，取得了良好的社会效益和经济效益。手术中快速病理诊断目的在于确定病变性质以决定下一步手术方案、了解恶性肿瘤的扩散情况、有无区域淋巴结转移、确定肿瘤切缘有无肿瘤组织残留、确认切除的组织（例如甲状旁腺、输卵管及异位组织）。自标本送到病理科到电话通知临床医师约需40分钟。
细胞学检查取材方便、创伤小能对大多数肿瘤患者进行初步筛查，值得进一步推广，但其存在假阴性及假阳性，故应多次取材。单纯细胞学诊断不能作为对患者进一步治疗的依据，确诊还是需要组织学病理学诊断。
病理科目前开展免疫组化30余项，在病理诊断中发挥鉴别诊断和协助疾病预后判断的作用。其中应用于乳腺癌的4项检测指标是大家所熟知的。ER（+）、PR（+）、C-erbB-2（－）是预后良好的指征；乳腺癌C-erbB-2（3＋）是应用Herceptin治疗的指征；ER（+）是应用tomaxifen治疗的指征。胃肠道间质瘤c-kit（+）提示可用格列卫治疗。
