皖医弋矶山医院胃肠外科三病区始创于1983年，1995年以普外科为基础，重新组建了普外四科（急诊外科），创立了急诊绿色通道，一直在国内处于先进水平。2009年普外科专科化建设时，根据科室特色和专业主攻方向转为胃肠外科三病区及急诊外科（外科危重症）。
现开设床位48张，目前科室共有医生19人，其中高级职称11人，博士4人，硕士6人。
科室为外科学、肿瘤学及急诊医学硕士研究生培养点，科室承担的省级研究课题有：省科技厅课题一项，省教育厅重点课题一项，省教育厅自然科学基金七项，卫生厅课题四项，皖医中青年科研基金资助课题八项，芜湖市科技局课题三项；获皖南医学院教学成果二等奖，芜湖市科技成果三等奖各一项。近年来共发表文章70余篇，其中SCI和国家级重点期刊20余篇。
胃肠外科三病区（急诊外科）是一个以胃肠外科为重点，同时承担着该地区及周边市县普外科各种急危、重症、疑难病人救治工作的特色专科。
科室特色：（1）实施胃肠道肿瘤的规范化手术；（2）胃肠道肿瘤及急腹症的微创治疗；（3）实施外科危重症的综合治疗及营养支持。
在胃、肠道恶性肿瘤的诊治中，采用规范化治疗方案的过程中突出个体的差异，特别在胃癌手术中他们实施标准的淋巴结清扫术，3年存活率高于全国平均水平，并在周边十余个市、县级医院成功推广应用。
对外科危重症及MODS救治具有丰富的临床经验和诊治特色，特别对于重症胰腺炎包括手术在内的综合性治疗病死率小于10%，低于国内平均20%的水平，处于省内先进水平。
自2010年8月始，率先开展了腹腔镜胃肠道肿瘤及急腹症手术，至2012年12月共完成腹腔镜胃癌手术110余例、胃间质瘤手术22例，腹腔镜结直肠癌手术80余例、结直肠腺瘤手术14例，处于院内领先、省内先进水平。
