感染科前称传染科，成立于1981年， 2005年更名为现在的“感染疾病科”，是目前全县唯一专职从事传染病诊治的科室。科室技术力量雄厚，人员结构合理，有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师2名，住院医师4名，其中主任医师担任副院长，两名医师担任安徽省病毒性肝炎专业委员会委员。护士9人。
目前拥有较先进的Microscan-Walk-Away-40全自动细菌鉴定仪、PCR检测仪，多点接种仪等专科诊疗设备。
主要从事各种感染性疾病及传染病、不明原因发热的诊治及抗生素的合理应用，还包括病毒性肝炎（甲、乙、丙、戊型）、肝硬化、重症肝炎、流行性脑脊髓膜炎、流行性乙型脑炎、细菌性痢疾、各种肠炎、肺结核及各种新发传染病的诊治和细菌耐药性研究。
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