南山医院泌尿外科是治疗泌尿系及男性生殖系统疾病的专科、它包括泌尿、男性病专科门诊，体外震波碎石，前列腺治疗室及住院病区。本专业技术人员具有丰富临床、教学经验，科内医疗设备先进，拥有体外震波碎石机、微波前列腺治疗仪、红外线前列腺治疗仪，高温前列腺治疗仪，膀胱镜、尿道镜、及输尿管镜等设备，能胜任泌尿外科各类疾病的诊断和治疗、能完成泌尿外科各类大中小型手术。开展了肾移植手术。在治疗性传播性疾病、男性不育、前列腺炎、前列腺增生、男性性功能障碍等方面有较深的研究及丰富的临床经验。
