南山医院疼痛科（即广东省医学会疼痛学会深圳疼痛诊疗中心，为广东省疼痛诊疗的临床、科研教学及进修培训基地，同时是北京医科大学中法疼痛中心深圳临床基地，也是深圳市首批重点专科）。门诊面积200余平方米、疼痛病床30张。有专家、副主任医师4名、主治医师7人、专职护士10名。1999年9月，该学科带头人张德仁副主任医师牵头成立了深圳市医学会疼痛学会，并担任主任委员。该院疼痛中心在规模、门诊量、病床数、硬件设备及人员数量质量上均居于全国先进行列。
主要开展项目：各种神经阻滞疗法、小针刀疗法、全息疗法、枝川注射疗法、病人自控镇痛法（PCA）、阿霉素注射治疗神经痛、套管针埋药法、脊神经背根冷冻术、腰椎间盘突出胶原酶溶解术、椎间盘镜手术、无痛人流及无痛分娩、术后镇痛、癌症镇痛三阶段疗法、心理疗法等，此外还包括光、电、声、热、磁、激光、超激光等多种物理治疗，针灸、火罐、穴位注射、埋线等及中医中药治疗头颈痛、颈椎病、肩周炎、胸背疼痛、腰骶疼痛、强直性脊柱炎、坐骨神经痛、腰椎增生、关节扭伤、软组织挫伤、风湿、类风湿性关节炎、腱鞘炎、不定陈述综合症等。
