三明市第二医院中医科成立于1958年，开放床位25张，下设中医内科、中医妇科二个专业组。科室技术力量雄厚，拥有主任医师一名，副主任医师二名，主治医师一名，住院医师二名。
早在1969年，中医科就在国内率先开展以雷公藤治疗类风湿关节炎、强直性脊柱炎、系统性班狼疮等风湿性疾病，积累了大量的经验，疗效显著，全国乃至东南亚的患者络绎不绝前来诊治。《人民日报》、《工人日报》等20多家新闻媒体先后予以报道。38年来，已有全国各地乃至海外的3万余名患者接受治疗，有效率达到86.75%。这一科研成果获得了福建省科技成果奖。科室购进了风湿治疗仪、波谱仪等设备，结合中医传统的针灸理疗等疗法，进一步加强了风湿病的治疗效果。另外，科室在肝病、肾病、老年病、脾胃病的诊治方面也有较高水平。
2006年成立并迅速发展起来的中医妇科，以中西医结合治疗月经不调、崩漏、不孕不育症、妊娠病、产后病、带下、更年期综合症等疾病疗效显著。科室选派医生到省人民医院进修，能进行妇检及一些简单的诊疗，减少了纯中医的盲目性；采用内外治法并用，提高了疗效。短短一年的时间里很快得到了百姓的认同，许多在多家医院西医治疗未愈的病人，如多囊卵巢综合征、输卵管不通导致不孕；功能性子宫出血等，用中药治愈。目前前来求治的患者明显增多。
