深圳市第二人民医院病理科集医疗、教学、科研工作于一体，拥有雄厚的技术力量，现有工作人员12人，其中具有高级职称4人，硕士生导师1人，博士1人，硕士3人，广东省病理分会委员2人，深圳市病理分会副主任委员1人。
病理科拥有先进设备近10台，包括荧光显微镜、全密封自动脱水机、全自动染片及封片机、LEICA低温冷冻切片机、显微图像分析系统、五人共览显微镜等仪器设备。
该科开展业务：外检标本及手术标本病理诊断，术中快速病理诊断，细胞病诊断，免疫组化及分子病理，法医解剖病理诊断。
该科在组织病理学和细胞病理学诊断上均达省内先进水平，尤其擅长神经系统、骨、甲状腺及乳腺、淋巴造血系统、软组织及宫颈、胃肠、食管等部位肿瘤的病理诊断，目前是广东省淋巴瘤专家协助组及软组织肿瘤专家协助的成员单位之一。年外检工作量近20000例，术中快速冰冻检查近2000例，国内外病理会诊约200余例，胎盘病理检查1000余例；细胞学诊断包括肿块穿刺、宫颈液基细胞学、宫颈刮片、胸腹水、支气管镜刷检、支气管镜冲洗液涂片、痰涂片等，年约30000例。拥有免疫组化实验室、分子病理学实验室和细胞室，除传统病理诊断技术，今年来新开展了100余种标记的免疫组化，并开展了EB病毒EBERs原位杂交、肿瘤组织萤光免疫原位杂交Her-2和EGFR分子检测等分子病理检测项目，用于疾病诊断和鉴别诊断，肿瘤分类个体化治疗基因分型，靶向药物敏感性预测和预后判断等。
该科尚承担了南昌大学病理学研究生、进修生的病理学教学任务，并承担深圳大学医学院部分病理教学，接纳来自全国各地基层医院病理科医生的进修培训。此外，该科还承担深圳地区医疗鉴定、司法鉴定尸体解剖病理学检查工作。
科室重点从事肿瘤病理诊断、肿瘤的分子病理学研究，至今已在国内外期刊上公开发表论文数十篇，其中SCI收录论文三篇，先后承担和完成市级以上课题四项，科室人员承担并完成省级课题四项，其中一项鉴定为国内领先水平；参于的一项研究获深圳市科技成果一等奖，一项获省级三等奖。
