深圳市第二人民医院消化内科专科建设发展迅速，学科综合实力达省内先进水平，处于深圳市领先地位，在国内具有一定知名度。目前，该学科是卫生部消化内镜诊疗技术培训基地单位，广东省医学会消化内镜分会副主任委员单位，广东省医师协会消化内镜学医师工作委员会副主任委员单位，深圳市医学会消化内镜专业委员会的主任委员单位，深圳市中西医结合消化病委员会主任委员单位。
消化专科设门诊、病房、消化内镜中心和消化功能实验室四部分，有医师15人，其中主任医师5人、副主任医师5人、主治医师5人。具有博士2人、硕士8人及一批高素质的护理队伍和技术突出的消化内镜技术人员，科室人才梯队合理，技术力量雄厚，设备精良。科室以消化系统疾病的临床和消化内镜综合治疗为重点，特别对急性重症胰腺炎、消化道大出血、肝硬化顽固性腹水及其它各种并发症、胆胰疾病、消化系肿瘤以及消化系统的疑难危重疾病的诊治具有较高水平。
消化内科门诊，每天有3名副主任医师/主任医师常规出诊，年门诊量5万人次，专业水平一流，服务质量上乘。病房设有专业床位44张，收治各类消化系疾病患者，床位使用率110%，年出院病人数达2000人。
消化内镜中心拥有多台套日本进口最优内窥镜系统，设备先进，包括电子胃镜、电子结肠镜、染色内镜（NBI/染色剂）、放大肠镜、超声内镜、胶囊内镜、电子十二指肠镜和小肠镜以及氩气刀等高端内镜治疗/手术设备。消化内镜检查逾15000人次/年，其中无痛内镜达7000人次/年，是目前深圳地区应用该项技术最多最好的医院，而且无需预约全天候开放。对消化道疾病的诊断，特别是胃肠道恶性肿瘤的早期诊断水平处于领先地位。消化科以消化内镜诊疗为特色，尤其擅长消化系疾病的内镜下微创手术治疗，内镜治疗/手术达3000人次/年。目前常规开展国内所有的消化内镜诊断和治疗技术，特别是对消化道早期肿瘤、晚期肿瘤，胆道胰腺良恶性疾病，食管静脉曲张破裂出血，胃肠造瘘等内镜下微创手术治疗有独到之处，为消化道疾病的诊疗提供了微创、安全而有效的手段。作为卫生部消化内镜诊疗技术培训基地，负责深圳市消化科医师的内镜诊疗技术的专业培训及指导工作，每年均开办消化内镜诊断和治疗技术的初、中和高级培训班，为深圳地区的消化内镜的发展贡献力量。
消化实验室装备有导纳式胃动力检测仪、HUBT-20型Hp测试仪、13C红外线能谱分析仪等，年检查病例超过1万人次。可用于临床诊断各种疾病引起的胃动力障碍及胃幽门螺杆菌诊断。另配备腹水超滤浓缩机，用于肝硬化、肝癌晚期顽固性腹水的治疗，可取得良好的疗效。除医疗业务外，科室尚承担省、市级科研课题多项以及深圳大学、中山大学、南方医科大学、广东医学院等院校的教学任务，医、教、研各方面工作互相促进，共同发展。
